2025년 세법개정, 중소기업 확정 사항

세무법인 호안 작성 · 검수 김해인 세무사 · 최종 검수일 2026-09-25 · 2026년 9월 기준 세법으로 작성되었습니다.

이번 세법개정에서 중소기업이 확정적으로 준비해야 할 일은 법인세율 1%p 인상에 대한 대응, 그리고 고용·배당 전략의 재점검입니다. 세법개정안이 나오면 대기업 이야기로 넘기기 쉽지만, 이번 개정은 법인세율·고용공제·배당과세처럼 모든 중소기업의 세금에 직접 닿는 내용이 많습니다. 세율은 오르지만 고용을 오래 유지하면 공제가 커지는 등 준비한 기업에는 유리한 지점도 함께 들어왔으므로, 제도 시행 전에 미리 분석하고 대응 전략을 세우는 것이 절세의 시작입니다.

법인세율은 얼마나 오르는가

전 구간에서 1%p 올라, 2026년 사업연도분부터 적용됩니다. 2023년 인하됐던 법인세율이 사실상 환원되는 조치로, 2025년 12월 국회를 통과해 확정됐습니다. 과세표준이 클수록 인상 효과가 큽니다.

[일반법인 법인세율]

과세표준	종전(2025년 귀속분까지)	현행(2026년 개시 사업연도부터)
2억원 이하	9%	10%
2억원 초과~200억원 이하	19%	20%
200억원 초과~3,000억원 이하	21%	22%
3,000억원 초과	24%	25%

[임대법인 등 성실신고대상법인 법인세율]

과세표준	종전(2025년 귀속분까지)	현행(2026년 개시 사업연도부터)
200억원 이하	19%	20%
200억원 초과~3,000억원 이하	21%	22%
3,000억원 초과	24%	25%

고용을 오래 유지하면 세액공제가 어떻게 달라지는가

추징 중심이던 사후관리가 완화되고, 고용을 오래 유지할수록 공제가 커지는 구조로 바뀌었습니다. 지금까지는 고용 증가로 공제를 받은 뒤 일정 기간 안에 고용이 줄면 세금을 추징당했지만, 개정 후에는 2026년 과세연도 이후 고용증가분에 대한 이 추징 규정이 없어지고 장기 고용에 더 큰 공제가 주어집니다. 다만 2024·2025년 과세연도에 늘어난 인원분은 그 뒤 2년(중소·중견기업)까지 종전 규정을 따라 인원이 줄면 공제세액을 납부하고, 정규직 전환·육아휴직 복귀 공제는 2년 안에 그 직원과 근로관계가 끝나면 공제세액을 납부합니다(조세특례제한법 제29조의8 제7항, 부칙 제34조).

구분	종전	개정(2026년 과세연도분부터 — 12월 결산법인은 2027년 3월 신고분부터)
세액공제 방식	상시근로인원 증가수 × 1인당 공제액(지역별·기업규모별 차등)	상시근로인원 증가수 × 1인당 공제액(고용유지기간별·지역별·기업규모별 차등)
사후관리	공제 후 일정 기간 내 상시고용인원 감소 시 공제세액 추징	고용증가분 추징 규정 삭제, 감소분만 공제배제(정규직 전환·육아휴직 복귀 공제의 2년 내 퇴사 추징은 유지)

고용유지기간이 짧으면 현행보다 공제가 줄 수 있지만, 오래 유지하면 현행보다 공제가 커집니다. 1인당 공제액은 청년(15~34세)·장애인·60세 이상·경력단절 근로자 등을 채용할 때 우대됩니다. 통합고용세액공제 적용기한도 2028년 12월 31일까지 연장됐습니다.

상장주식 배당·대주주 과세는 무엇이 바뀌었는가

고배당 상장기업 배당은 분리과세가 도입됐고, 논쟁이 컸던 대주주 기준 하향은 무산돼 현행 50억원이 유지됐습니다.

• 배당소득 분리과세(2026년부터): 고배당기업에서 금전으로 받은 배당은 종합소득 확정신고 때 분리과세를 신청하면 종합과세(최고 45%)에 합산하지 않고 따로 과세됩니다(조세특례제한법 제104조의27, 같은 법 시행령 제104조의24). 고배당기업은 ① 사업연도 종료일 현재 코넥스를 제외한 주권상장법인이고 ② 직전 사업연도 배당이 2024년 12월 31일이 속하는 사업연도보다 줄지 않았으며 ③ 직전 사업연도 배당성향이 40% 이상이거나, 25% 이상이면서 이익배당금이 전전 사업연도보다 10% 이상 늘어난 회사입니다. 2025년 12월 31일이 속하는 과세연도에 발생한 배당은 ③을 직전 사업연도가 아니라 그 사업연도의 배당성향·이익배당금으로 판단합니다(부칙 제48조). 적용은 2028년 12월 31일이 속하는 사업연도에 발생하는 배당까지입니다. 확정된 세율 구간은 2,000만원 이하 14%, 2,000만원 초과~3억원 이하 20%, 3억원 초과~50억원 이하 25%, 50억원 초과 30%입니다. 이 개정은 비상장 중소기업 배당에는 적용되지 않습니다.
• 대주주 범위: 발표 당시에는 주식 보유액 기준을 50억원에서 10억원으로 낮추는 안이 가장 큰 논쟁을 일으켰지만, 최종적으로 현행 50억원 기준이 유지됐습니다.

감액배당 초과분은 이제 과세되는가

감액배당의 장부가액 초과분에 소득세가 과세됩니다 — 2026년 1월 1일 지급분부터입니다. 그동안, 정확히는 2025년 지급분에 적용되는 종전 규정에서도 자본준비금을 재원으로 한 감액배당은 비과세라 ‘마법의 배당’으로 불렸지만(종전에도 전액은 아니었습니다 — 법인세법 제18조제8호 각 목에 해당하는 자본준비금을 감액해 받은 배당은 그때도 제외였습니다), 이제 보유 주식의 장부가액을 한도로만 비과세하고 초과분은 배당소득으로 과세합니다(소득세법 시행령 제26조의3제6항).

• 장부가액 한도가 걸리는 사람: ①주권상장법인의 대주주 ②주권비상장법인의 주주. 다만 비상장 대주주가 아닌 사람이 한국금융투자협회의 K-OTC 장외매매거래로 양도하는 중소·중견기업 주식은 여기서 빠집니다 — 「중소·중견기업 소액주주」라고 해서 모두 빠지는 것이 아니라 K-OTC 거래 요건까지 갖춰야 합니다(소득세법 제94조제1항제3호 나목 단서)
• 적용 시기: 2026년 1월 1일 이후 지급받는 배당분부터(대통령령 제36000호 부칙 제1조·제2조). 2025년 지급분은 종전 규정입니다

자본거래가 드문 대부분의 중소기업은 감액배당 재원인 자본잉여금 자체가 없어 해당 사례가 많지는 않습니다. 다만 준비된 법인이라면 시기와 절차에 따라 세부담 차이가 크므로 별도 검토가 필요합니다.

지방이전과 그 밖의 혜택은 어떻게 달라지는가

지방이전 세제지원은 축소되는 방향이고, 투자·고용 관련 혜택은 확대되는 항목이 있습니다. 감면한도가 신설되고 사후관리가 강화됐습니다(2025년 12월 개정 확정, 2026년 시행 — 조세특례제한법 제63조(공장 이전)·제63조의2(본사 이전)). 다만 2026년 1월 1일 전에 이미 이전했거나, 그 전에 이전계획서 제출·부지 매매 계약·건축허가 등으로 이전에 착수했다면 종전 규정이 적용됩니다(같은 법 부칙 제35조·제36조).

구분	종전(2025년까지)	현행(2026년부터)
감면한도	없음	지방투자누계액×70% + 지방근무 상시근로자수×1,500만원(청년·서비스업 2,000만원)
사후관리	3년 내 폐업·해산, 수도권 본사 설치 등 4가지 사유 시 감면세액 추징	종전 4가지 사유에 더해, 상시근로자 수가 줄면 직전 2년 안에 인원 한도로 감면받은 세액 합계에서 그 해 상시근로자 수×1,500만원(청년·서비스업 2,000만원)을 뺀 금액을 납부

지방이전을 통한 세액감면을 고려 중이라면, 먼저 2026년 1월 1일 전에 이전에 착수한 행위가 있어 종전 규정을 적용받는지 확인하고, 그렇지 않다면 신설된 감면한도와 강화된 사후관리 요건을 반영해 이전 계획의 실익을 다시 계산해 보는 것이 안전합니다.

그 밖의 주요 내용은 다음과 같습니다.

• 중소기업의 스마트공장 투자 시 초기 투자비용의 조기 경비처리 허용 전망
• 웹툰콘텐츠 제작비용 세액공제 신설(2028년 12월 31일까지 제작비용의 10%, 중소기업 15% — 조세특례제한법 제25조의8)·영상콘텐츠 제작비용 세액공제 확대 — 확정, 2026년 시행
• 국가전략기술에 인공지능 분야·미래형 운송 등을 포함해 연구인력개발비·투자 세액공제 확대
• 유턴기업(국내 복귀)에 대한 세금감면 확대

정리 — 무엇부터 점검하면 되는가

법인세율 전 구간 1%p 인상은 확정된 흐름이므로, 인상분을 상쇄할 세액공제·감면 점검과 고용·배당 전략의 조정이 첫 순서입니다. 통합고용세액공제는 장기 고용에 유리한 구조로 바뀌었고, 감액배당 초과분 과세는 확정된 반면 대주주 50억원 기준은 유지됐습니다. 발표 당시 전망과 확정 내용이 달라진 지점이 있으므로, 개정 전 정보로 세운 계획은 확정 내용을 기준으로 다시 판단해야 합니다.

자주 묻는 질문