세무조사 대응, 사전통지 20일부터 불복 90일까지

호안 작성·검수 · 최종 검수일 2026-09-08 · 2026년 9월 기준 세법으로 작성되었습니다.

세무조사 대응의 절반은 기한 관리, 나머지 절반은 부정행위 판정 관리입니다. 사전통지서를 받은 대표님들께서는 “당장 무엇부터 해야 하느냐”라고 물으시는데, 덜컥 자료부터 몰아서 넘기거나 반대로 제출을 미루는 양쪽 모두 좋지 않은 선택입니다. 법이 정한 절차와 권리를 알고 움직이면 조사 기간과 가산세 양쪽에서 결과가 달라집니다. 같은 1억 원을 추징당해도 가산세는 2,606만 원과 5,606만 원으로 갈립니다. 그 갈림길이 조사장에서 어떻게 소명했는지에 달려 있습니다.

세무조사 대상은 어떻게 선정되는가

정기선정과 비정기선정의 두 갈래이며, 어느 쪽인지에 따라 대응의 출발점이 다릅니다. 사전통지서의 조사 사유란에서 이를 먼저 확인하게 됩니다.

• 정기선정(국세기본법 제81조의6 제2항) — ① 신고 성실도 분석 결과 불성실 혐의가 인정되는 경우 ② 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 조사를 받지 않은 납세자 중 업종·규모 등을 고려해 검증이 필요한 경우 ③ 무작위추출 표본조사.
• 비정기선정(같은 조 제3항) — 신고·지급명세서 등 납세협력의무 불이행, 무자료·위장·가공거래 혐의, 구체적 탈세 제보, 탈루·오류의 명백한 자료가 있는 경우 등. 실제 사례는 공유오피스 주소만 올린 창업감면이 조사 대상이 된 사례에서 다뤘습니다.

업종별 수입금액이 일정 규모 이하이고 장부 기록 요건을 충족하는 소규모 성실사업자는 정기선정 조사를 하지 않을 수 있다는 규정도 있습니다(같은 조 제5항). 평소의 증빙·장부 관리가 조사 확률 자체를 낮추는 구조입니다.

사전통지를 받으면 무엇부터 확인하는가

통지서의 세 칸: 조사대상 세목, 조사기간, 조사 사유부터 확인합니다. 여기서 조사의 성격과 쟁점을 대부분 예측할 수 있습니다.

천재지변 등 대통령령으로 정하는 사유로 조사를 받기 곤란하면 연기신청이 가능하고, 관할 세무관서의 장은 승인 여부와 연기 기간을 조사 개시 전까지 통지해야 합니다(같은 조 제2항·제3항). 연기 사유가 소멸해 조사를 다시 시작할 때는 개시 5일 전까지 통지하도록 정해져 있습니다(제5항). 조사가 시작되면 세무공무원은 조사원증을 제시하고 납세자권리헌장을 교부하며 조사 사유·기간과 권리구제 절차를 설명해야 합니다(제81조의2).

조사 기간과 범위의 법정 한도

연간 수입금액 100억 원 미만 납세자의 조사 기간은 20일 이내가 원칙입니다(국세기본법 제81조의8 제2항). 연장할 때는 최초 연장은 관할 세무관서장, 2회 이후는 상급 관서장의 승인을 받아 각각 20일 이내로만 가능하고, 사유와 기간을 문서로 통지해야 합니다.

다만 무자료·위장가공거래, 역외 탈루, 명의위장·이중장부·차명계좌, 거짓계약서를 이용한 부동산 투기, 상속세·증여세 조사와 주식변동 조사 등은 이 기간 제한을 받지 않습니다(같은 조 제3항). 조사 범위도 마음대로 넓힐 수 없어서, 구체적 탈루 혐의가 다른 과세기간·세목까지 관련되는 경우 등이 아니면 조사 중 범위 확대가 제한되고, 확대 시 사유와 범위를 문서로 통지해야 합니다(제81조의9). 같은 세목·같은 과세기간에 대한 재조사는 원칙적으로 금지되며, 명백한 탈루 자료가 있는 경우 등 법정 예외에서만 허용됩니다(제81조의4 제2항).

조사 과정에서 회사가 가지는 권리

조력을 받을 권리, 장부를 지킬 권리, 최소 범위의 조사를 받을 권리가 법에 명시돼 있습니다. 아는 만큼 쓸 수 있는 권리들입니다.

• 조력을 받을 권리: 변호사·공인회계사·세무사를 조사에 참여시키거나 의견을 진술하게 할 수 있습니다(국세기본법 제81조의5).
• 장부 일시 보관의 통제: 세무공무원은 납세자의 장부를 세무관서에 임의로 보관할 수 없고, 비정기선정 사유에 해당하는 경우에만 납세자 동의와 일시 보관 동의서·보관증 교부를 거쳐 최소 범위로 보관할 수 있습니다. 반환을 요청하면 14일 이내에 돌려줘야 하고, 연장은 납세자보호위원회 심의를 거쳐 한 차례(14일 이내)만 가능합니다(제81조의10).
• 최소 범위의 조사: 조사대상 세목·과세기간과 관련 없는 장부 제출 요구는 금지됩니다(제81조의4 제3항).

같은 추징 1억 원, 가산세는 어떻게 갈리는가

부정행위 판정 여부에 따라 신고 관련 가산세만 3,000만 원이 갈립니다. 조사에서 같은 금액이 추징되더라도 “단순 과소신고”와 “부정행위”의 세부담은 다른 차원입니다.

전제: 추징 본세 1억 원, 법정납부기한 경과 730일 시점 고지 가정, 납부지연가산세 이자율 1일 0.022%(국세기본법 시행령 제27조의4), 지정납부기한 이후 가산분·역외거래 제외.

구분	일반 과소신고	부정행위 판정
과소신고 가산세 (국세기본법 제47조의3)	1,000만 원 (본세의 10%)	4,000만 원 (본세의 40%, 역외거래는 60%)
납부지연가산세 (제47조의4)	약 1,606만 원 (1억 × 0.022% × 730일)	약 1,606만 원 (동일)
합계	약 2,606만 원	약 5,606만 원

부정행위는 이중장부 작성, 차명계좌 이용, 거짓 증빙 같은 적극적 은닉 행위가 기준이며, 단순 계산 오류나 세법 해석 차이와는 구분됩니다. 조사 과정에서 거래의 실질과 경위를 어떻게 소명하는지가 이 구분에 직접 영향을 주기 때문에, 가지급금·가수금 처럼 오해를 부르기 쉬운 계정은 조사 전에 정리 근거를 준비해 두는 것이 유리합니다. 정리 방법은 가수금 정리 5가지 해법에서 다뤘습니다.

부정행위 판정은 가산세에서 끝나지 않습니다. 부과제척기간이 일반 5년에서 10년으로 늘어나(역외거래에서 발생한 부정행위는 15년), 조사가 미칠 수 있는 과세기간 자체가 두 배가 됩니다(국세기본법 제26조의2 제2항 제2호). 같은 호 후단은 부정행위로 포탈한 세목이 법인세일 때, 그와 관련해 법인세법 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세에도 같은 10년을 적용합니다. 법인 추징액이 대표자 상여 등으로 소득처분되면 대표자 개인의 소득세와 원천징수 고지가 뒤따르는데(법인세법 제67조), 그 부분까지 10년간 열려 있다는 뜻입니다. 앞의 1억 원 예시는 법인세만 계산한 값이므로, 실제 부담은 소득처분분까지 함께 놓고 봐야 합니다.

조사 결과에 동의하기 어렵다면 어떤 절차가 남는가

결과통지 → 과세전적부심사(30일) → 고지 → 이의신청·심사·심판청구(90일)의 순서로, 단계마다 기한이 정해져 있습니다.

1. 결과통지 확인: 조사를 마친 날부터 20일 이내에 조사 내용, 경정할 과세표준·세액과 산출근거가 서면으로 통지됩니다(국세기본법 제81조의12).
2. 과세전적부심사 청구: 결과통지·과세예고통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지 내용의 적법성 심사를 청구할 수 있고, 청구를 받은 관서는 30일 이내에 국세심사위원회 심사를 거쳐 결정을 통지합니다(제81조의15). 고지 전에 다투는 유일한 절차입니다.
3. 조기결정 신청 판단: 다툴 실익이 없는 부분은 적부심을 거치지 않고 조기에 결정해 줄 것을 신청할 수 있습니다(같은 조 제8항). 납부를 앞당겨 납부지연가산세 누적을 관리하는 실무 선택지입니다.
4. 불복 청구: 고지 처분에 대해서는 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 심사청구 또는 심판청구를 제기해야 합니다(제61조·제68조). 이 기한을 지나면 절차적으로 다툴 길이 사실상 닫힙니다.

정리 — 세무조사 대응은 무엇부터 시작하는가

통지서 확인, 쟁점 예측, 기한 관리의 세 가지가 대응의 뼈대입니다. ① 사전통지서의 세목·기간·사유에서 조사의 성격을 읽고, 조사 개시 전 20일 동안 쟁점별 소명 자료를 준비합니다. ② 조사 중에는 법이 정한 권리(조력·일시보관 통제·범위 제한)를 근거 조문과 함께 사용하고, 자료 협조는 협의된 일정대로 이행합니다. ③ 결과통지 후에는 30일(적부심)·90일(불복)의 기한을 달력에 먼저 고정합니다. 부정행위 판정 여부에 따라 가산세가 10%에서 40%로 갈리므로, 소명의 품질이 곧 세부담입니다.

자주 묻는 질문

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