부당행위계산부인, 3억이 넘지 않아도 적용되는 자본거래

세무법인 호안 작성 · 검수 김해인 세무사 · 최종 검수일 2026-09-16 · 2026년 9월 기준

부당행위계산부인은 이름 때문에 오해를 삽니다. 부당한 행위를 금지하는 규정처럼 들리기 때문입니다. 그런데 조문은 거래의 효력을 건드리지 않고 세금 계산만 다시 합니다. 계약은 그대로 두고 소득금액만 시가 기준으로 다시 계산하는 구조입니다. 유형마다 금액 기준이 어느 조문에서 오는지, 조문 단위로 확인하겠습니다.

부당행위계산부인은 무엇을 하는 규정인가

소득금액을 다시 계산합니다. 거래를 무효로 만들지 않습니다.

법인세법 §52①의 구조

납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산합니다.

기준은 시가

§52②은 시가를 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격으로 정의합니다. 요율·이자율·임대료·교환 비율도 여기에 포함됩니다. 매매가격만이 아니라 이자율과 임대료도 시가 판단 대상이라는 뜻입니다.

명세서 제출 의무도 있다

§52③은 내국법인이 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하도록 정합니다. 거래 사실 자체를 신고 단계에서 드러내야 합니다.

어떤 거래가 유형에 들어가는가

시행령이 열거합니다. 손익거래형과 자본거래형으로 나뉩니다.

손익거래형 주요 유형

유형	내용	호
고가 매입	자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받거나 과대상각	1호
무수익 자산	무수익 자산을 매입·현물출자받거나 그 비용을 부담	2호
저가 양도	자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도·현물출자	3호
저리 대여	금전·자산·용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율·임대료로 대부하거나 제공	6호
고리 차용	시가보다 높은 이율·요율·임차료로 차용하거나 제공받음	7호

자본거래형 유형

8호는 주주등(소액주주등 제외)인 법인이 특수관계인인 다른 주주등에게 이익을 분여한 자본거래를 열거합니다. 가목이 불공정 합병, 나목이 신주인수권 포기 또는 고가 인수, 다목이 비율에 의하지 아니한 일부 주주 주식의 소각입니다. 8호의2는 그 밖의 증자·감자·합병·분할·전환사채 등 자본거래로 이익을 분여했다고 인정되는 경우를 받습니다.

자본거래형의 금액 기준은 어디서 오는가

§88③의 3억원·5퍼센트 기준은 적용되지 않지만, §89⑥이 준용하는 상증법 기준이 따로 붙습니다.

시행령 §88③의 열거

시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용하는 유형은 제1항 제1호·제3호·제6호·제7호 및 제9호(1호·3호·6호·7호에 준하는 행위로 한정)입니다. 8호와 8호의2는 이 열거에 없습니다.

구분	해당 유형	금액 문턱
손익거래형	1호·3호·6호·7호·9호	3억원 이상 또는 시가의 5% 이상
자본거래형	8호·8호의2	§88③ 문턱은 없음 — §89⑥이 준용하는 상증법 기준금액 적용(아래 표)
기타	2호·4호·5호·3호의2·7호의2	§88③ 열거에 없음

§89⑥의 준용 — 자본거래형의 기준금액

시행령 §89⑥은 8호·8호의2로 이익을 분여한 경우 익금에 산입할 금액의 계산에 상증법 §38·§39·§39조의2 등과 같은 법 시행령 §28③~⑦·§29②·§29조의2①② 등을 준용하도록 정합니다. 준용되는 조문 안에 기준금액이 들어 있으므로, 자본거래형의 문턱은 §88③이 아니라 여기서 옵니다.

자본거래	준용 조문	기준금액
불균등 감자·소각(8호 다)	상증법 시행령 §29조의2②	3억원. 1주당 평가액과 소각 대가의 차액이 1주당 평가액의 30% 이상이면 0
저가 신주 — 실권주 재배정(8호 나)·제3자 직접배정(8호의2)	상증법 시행령 §29②1호	기준 없음
저가 신주 — 실권주 미배정(8호 나)	상증법 시행령 §29②2호	차액률 30% 이상 또는 3억원 이상인 경우만
불공정 합병(8호 가)	상증법 시행령 §28④	주식 교부 시 30%와 3억원 중 적은 금액 · 현금 등 지급 시 3억원

따라서 「금액이 작아도 대상」은 실권주를 재배정하거나 제3자에게 직접 배정하는 증자에만 그대로 맞습니다. 감자와 미배정 증자는 기준 미만이면 익금산입액이 없습니다. 다만 감자는 차액률이 30% 이상이면 기준금액이 0이 되므로, 소액이라고 넘어가면 안 되는 구간이 실제로 존재합니다.

문턱 판정 예시

시가 10억원인 부동산을 특수관계인에게 양도하는 경우를 두 가지로 나눠 보면 다음과 같습니다.

구분	양도가액	차액	시가 대비	3호 적용
사례 1	800,000,000원	200,000,000원	20%	적용(5% 이상)
사례 2	980,000,000원	20,000,000원	2%	적용 안 됨(3억 미만·5% 미만)

계산 전제는 시가를 10억원으로 확정할 수 있고 거래 유형이 시행령 §88①3호(저가 양도)에 해당하며 상장주식 거래가 아닌 경우로 두었습니다. 두 요건은 「3억원 이상」과 「시가의 100분의 5 이상」 중 하나만 충족해도 적용됩니다.

상장주식 거래는 문턱 적용에서 빠진다

§88④은 §88③을 주권상장법인이 발행한 주식을 거래한 경우에는 적용하지 않는다고 정합니다. 비상장주식 거래와 처리가 달라지는 지점입니다.

상담실에서 놓치기 쉬운 쟁점이 자본거래입니다. 기준이 §88③이 아니라 준용 조문에 있어, 차액률이 30% 이상인 감자는 금액이 작아도 전액이 대상이 됩니다.

특수관계인은 어디까지인가

임원과 그 친족부터 계열회사까지 일곱 갈래로 규정되어 있습니다.

시행령 §2⑧의 일곱 갈래

법 §2조12호의 “경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계”는 다음과 같습니다.

호	관계
1호	임원 임면권 행사·사업방침 결정 등으로 사실상 영향력을 행사하는 자와 그 친족(상법 §401조의2①의 이사로 보는 자 포함)
2호	소액주주등이 아닌 주주(비소액주주등)와 그 친족
3호	법인의 임원·직원, 비소액주주등의 직원, 법인이나 비소액주주등의 자산으로 생계를 유지하는 자 및 이들과 생계를 함께하는 친족
4호·5호	해당 법인이 직접 또는 위 관계자를 통해 지배적인 영향력을 행사하는 법인
6호	해당 법인에 100분의 30 이상 출자한 법인에 100분의 30 이상 출자한 법인이나 개인
7호	공정거래법상 기업집단 소속 계열회사와 그 임원

사실상 영향력이 넓게 열려 있다

1호는 지분율이 아니라 임원 임면권 행사나 사업방침 결정 등 사실상 영향력을 기준으로 합니다. 주식을 전혀 갖지 않은 사람도 여기에 해당할 수 있습니다. 지분 관계만 보고 특수관계가 없다고 판단하면 어긋납니다.

우리 회사는 어느 유형에 가까운가

거래 성격이 문턱 적용 여부를 정합니다.

유형	상황	먼저 확인할 것
A. 자산 매매·대여 거래	가족·관계회사와 부동산 매매나 자금 대여	시가와 거래가액의 차액. 3억원 또는 5퍼센트 문턱
B. 자본거래 설계	증자·감자·불균등 소각 검토	§89⑥이 준용하는 기준금액. 감자는 3억원(차액률 30% 이상이면 0), 미배정 증자는 30%·3억원
C. 지분 없는 관계자	임원 임면이나 사업방침에 관여하는 사람	시행령 §2⑧1호의 사실상 영향력. 지분이 없어도 특수관계

정리 · 거래 전에 무엇을 확인하는가

자주 묻는 질문