고용증대세액공제 경정청구가 일부만 받아들여지는 이유

호안 작성·검수 · 최종 검수일 2026-10-04 · 2026년 9월 기준 세법으로 작성되었습니다.

고용증대세액공제 경정청구의 결과가 청구액과 다르게 나오는 원인은 대부분 한 곳에 있습니다. 2019년 12월 31일 개정으로 들어온 한 문장, 「증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다」가 어느 사업연도부터 적용되는가입니다. 국세청과 조세심판원의 판단이 서로 다르고, 조세심판원 안에서도 공제를 받는 사업연도에 따라 결론이 갈립니다. 호안이 현장에서 심판청구를 수행하며 확인한 내용을 차근차근 옮깁니다.

고용증대세액공제 경정청구는 왜 일부만 환급되는가

청구한 금액 중 2018·2019사업연도 귀속분만 받아들여지고, 2020사업연도 이후에 받는 공제분은 기각되기 때문입니다. 두 부분의 근거 규정이 서로 다릅니다.

고용증대세액공제는 고용을 늘린 해에 한 번만 공제받는 제도가 아닙니다. 최초로 공제받은 과세연도와 그 이후 2년까지, 중소기업이라면 같은 금액을 모두 세 번 공제받습니다(조세특례제한법 제29조의7 제1항). 2019년에 고용이 증가한 중소기업이라면 2019·2020·2021사업연도에 걸쳐 공제가 이어집니다.

문제는 그 세 번이 2019년 12월 31일 개정을 사이에 두고 나뉜다는 점입니다. 다만 나뉘는 기준은 공제의 차수가 아니라 그 공제가 이루어지는 과세연도의 개시일입니다. 부칙이 「이 법 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다」고 정하고 있기 때문입니다. 2018년에 고용이 늘어난 법인이라면 1차는 2018사업연도, 2차는 2019사업연도로 둘 다 개정 전에 들어가고, 3차인 2020사업연도부터 개정 규정이 적용됩니다. 조세심판원은 이 둘을 같게 보지 않았습니다.

쟁점이 된 한도 규정은 무엇인가

청년등 상시근로자의 증가인원을 전체 상시근로자의 증가인원까지만 인정하는 규정입니다. 2019년 12월 31일 법률 제16835호로 조세특례제한법 제29조의7 제1항 각 호에 신설되었습니다.

한도 규정의 내용

개정된 조문은 청년등 상시근로자의 증가인원 수 뒤에 괄호로 「증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다」를 붙였습니다. 청년등 근로자가 늘었더라도 전체 인원이 그만큼 늘지 않았다면, 전체 증가분까지만 청년 단가로 계산한다는 뜻입니다.

청년등 근로자의 공제 단가가 다른 근로자보다 높기 때문에 이 한 줄이 공제액을 상당히 줄입니다. 수도권 밖 중소기업 기준으로 청년등은 1명당 1,200만원, 청년등 외 근로자는 1명당 770만원입니다.

개정 전후의 공제액 차이

같은 고용 실적에 한도 규정을 적용하는지에 따라 공제액이 달라집니다. 아래는 전제를 명시한 계산 예시입니다.

전제 · 수도권 밖에 소재한 중소기업, 소비성서비스업이 아님, 12월 결산, 2019사업연도. 2018년 말 청년등 2명·청년등 외 8명(전체 10명)에서 2019년 말 청년등 5명·청년등 외 7명(전체 12명)으로 변동.

구분	한도 규정을 적용하지 않을 때	한도 규정을 적용할 때
청년등 증가인원	3명	2명 (전체 증가 2명이 상한)
청년등 공제액	3명 × 1,200만원 = 3,600만원	2명 × 1,200만원 = 2,400만원
청년등 외 증가인원	1명 감소 → 0원	1명 감소 → 0원
1개 연도 공제액 합계	3,600만원	2,400만원
3개 연도 합계(중소기업)	1억 800만원	7,200만원

이 사례에서 한도 규정의 적용 여부가 만드는 차이는 1개 연도 1,200만원, 세 번을 합치면 3,600만원입니다. 다만 3,600만원은 세 연도의 공제가 모두 인용될 때의 숫자입니다. 2020사업연도 이후에 받는 공제분은 기각되어 왔으므로, 2019년에 고용이 늘어난 법인이 실제로 다툴 수 있는 차액은 1개 연도분에 그칩니다. 걸린 금액은 증가 시점이 어느 사업연도인지에 따라 달라집니다.

2018·2019사업연도에 한도 규정이 적용되는가

조세심판원은 적용되지 않는다고 판단했습니다. 국세청은 적용된다는 입장이고, 경정청구 거부처분은 그 입장에서 나온 것입니다.

과세관청의 입장

기획재정부는 2022년 5월 4일 회신에서 한도 규정이 2020년 1월 1일 전에 개시하는 과세연도에도 적용된다고 답했습니다(조세특례제도과-322). 질의는 「적용된다」와 「적용되지 않는다」 두 안을 놓고 물었고, 회신은 적용된다는 안이 타당하다고 했습니다. 국세청도 같은 해 5월 10일 회신에서 이 해석을 그대로 인용했습니다(서면-2022-법규법인-0488).

조세심판원의 판단

조세심판원은 반대로 보았습니다. 납세자에게 불리하게 개정된 규정을 2018·2019사업연도 귀속분에도 적용하면 소급과세금지 원칙에 어긋날 소지가 있다는 것이 이유입니다(조심 2024중4737, 2024.11.21). 근거가 된 것은 개정 법률의 부칙입니다.

부칙 제17조는 사후관리 조항인 제29조의7 제2항에 대해 「신고하는 분부터」라는 기준을 따로 두었습니다. 그러나 한도 규정이 들어간 제1항은 그 조문에 없습니다. 제1항에는 일반 적용례인 부칙 제2조 제1항, 즉 「시행 이후 개시하는 과세연도분부터」가 적용됩니다. 2020년 1월 1일 시행이므로 12월 결산 법인이라면 2020사업연도부터라는 결론이 나옵니다.

결산월이 12월이 아닌 법인의 경계

부칙 제2조 제1항이 기준으로 삼는 것은 과세연도의 종료일도 신고일도 아닌 개시일입니다. 2020년 1월 1일 이후에 시작하는 과세연도부터 개정 규정이 적용됩니다. 12월 결산 법인은 개시일과 종료일이 같은 해 안에 있어 이 구분이 드러나지 않지만, 결산월이 다른 법인은 결론이 갈립니다.

3월 결산 법인을 예로 들면 2019년 4월 1일에 시작해 2020년 3월 31일에 끝나는 사업연도가 있습니다. 종료일은 2020년이지만 개시일이 2020년 1월 1일 전이므로 개정 전 규정이 적용되는 과세연도입니다. 조심 2024서3284가 바로 그 사안으로, 처분개요에 청구법인의 2019사업연도가 2019년 4월 1일부터 2020년 3월 31일까지로 적혀 있고 심판원은 그 사업연도에 대해 한도 적용을 배제하도록 결정했습니다.

경정청구 기한도 결산월을 따라 움직입니다. 법인세 신고기한은 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월이 원칙이고(법인세법 제60조 제1항), 성실신고확인서를 제출하는 법인은 같은 항 괄호에 따라 4개월, 외부감사가 끝나지 않은 법인은 같은 조 제7항에 따라 신청하면 1개월의 범위에서 연장받을 수 있습니다. 아래에 나오는 기한 표는 연장 사유가 없는 12월 결산 법인을 전제로 계산한 것입니다. 결산월이 다르다면 자기 법인의 사업연도 종료일에서 다시 세어야 합니다.

같은 쟁점의 심판결정은 2023년부터 누적되어 있습니다. 선도 결정은 조심 2023부0443(2023.05.17)이고, 이후 조심 2024중4737·2024서4931·2024광4644·2024전4545 등 같은 취지의 결정이 이어졌습니다.

2020사업연도 이후 공제에는 한도가 적용됩니다

2019사업연도 이전에 성립한 공제액이라도 2020사업연도 이후에 받는 공제에는 한도 규정이 적용된다는 것이 조세심판원의 판단입니다.

시행규칙 서식의 작성방법

재결이 든 근거는 둘입니다. 먼저 부칙 제1조·제2조 제1항에 따라 2020년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도분에는 개정된 법률이 적용된다고 하고, 이어서 서식의 작성방법에도 같은 내용이 기재되어 있다고 했습니다. 서식 자체는 1차년도 계산란의 수량 열 제목에도 상시근로자 증가 인원 수를 한도로 한다고 적고 있습니다. 다만 그 서식은 개정 시행규칙이 시행된 2020년 3월 13일 이후 제출하는 신고부터 쓰였으므로 2019사업연도 신고에도 쓰일 수 있었습니다. 서식에 한도가 적혀 있어도 시행규칙이 법률 부칙이 정한 적용 시기를 넘어설 수는 없고, 그래서 앞에서 본 2018·2019사업연도분의 인용 결론은 바뀌지 않습니다. 그 서식이 2020년 3월 13일 기획재정부령 제776호로 개정된 조세특례제한법 시행규칙 별지 제10호의8 서식 「고용 증대 기업에 대한 공제세액계산서」의 작성방법에, 2차년도와 3차년도 세액공제액을 계산할 때 각 공제금액은 전체 상시근로자 수 증가분을 한도로 한다고 적혀 있습니다. 조세심판원은 이를 들어 2020사업연도 이후 경정청구를 거부한 처분에 잘못이 없다고 보았습니다(조심 2024서3284, 2025.02.06).

한 결정문에 담긴 두 개의 주문

그 결과 하나의 심판결정문에서 사업연도별로 다른 주문이 나옵니다. 2018·2019사업연도는 한도 적용을 배제해 경정하고, 나머지 청구는 기각한다는 형태입니다. 경정청구를 한꺼번에 넣은 법인 입장에서는 청구액의 일부만 환급되는 결과가 됩니다.

구분	2018·2019사업연도에 받는 공제	2020사업연도 이후에 받는 공제
한도 규정 적용	적용되지 않음	적용됨
조세심판원 결론	한도 적용을 배제해 경정	기각
근거	당시 조문에 한도 문구가 없었던 점, 부칙 제1조·제2조 제1항	부칙 제1조·제2조 제1항, 그리고 2020.3.13 개정 시행규칙 별지 제10호의8 서식 작성방법
대표 결정	조심 2023부0443, 조심 2024중4737	조심 2024서3284, 조심 2024중4811

지금도 경정청구가 가능한가

이 쟁점으로 새로 경정청구를 하는 것은 2026년 9월 현재 대부분 기간이 지났습니다. 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 하는 것이 원칙입니다(국세기본법 제45조의2 제1항). 다만 같은 조 제2항은 제1항의 기간 제한에도 불구하고 자기 법인의 사건에서 과세표준과 세액의 계산 근거가 된 거래나 행위 등이 심판청구 결정이나 판결로 다른 것으로 확정된 경우에는 그 사실을 안 날부터 3개월 이내에 별도로 경정청구를 할 수 있게 열어 둡니다. 5년이 유일한 기간 제한은 아닙니다.

사업연도(12월 결산)	법정신고기한	경정청구 기한	2026년 9월 현재
2018	2019-03-31	2024-03-31	기간 경과
2019	2020-03-31	2025-03-31	기간 경과
2020	2021-03-31	2026-03-31	기간 경과
2021	2022-03-31	2027-03-31	가능하나 신규 증가분은 이 쟁점의 대상이 아님

2021사업연도는 아직 기간이 남아 있습니다. 다만 그 해에 새로 생긴 고용증가분에는 개정된 조문이 처음부터 적용되므로 한도 규정을 다툴 자리가 아닙니다. 2019년 증가분의 3차 공제가 2021사업연도에 들어오는 경우라면 쟁점이 되기는 하지만, 그것은 앞에서 본 2차·3차 공제 영역이어서 조세심판원이 기각해 온 부분입니다. 실제로 조심 2024중4737은 2021사업연도분 경정청구 거부에 대한 심판청구를 기각했습니다. 결국 이 쟁점이 실제로 문제되는 법인은 2024년이나 2025년에 경정청구를 이미 제출한 곳입니다.

거부처분을 받았다면 무엇부터 확인하는가

거부처분 통지를 받았다면 먼저 확인할 것은 처분의 범위입니다. 전부 거부인지, 사업연도별로 일부만 인정된 것인지에 따라 다툴 대상이 달라집니다.

고용증대세액공제 자체는 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도까지로 적용이 종료되었습니다. 지금 남아 있는 것은 이미 성립한 공제액을 둘러싼 환급·추징 문제입니다. 세액공제를 다루는 다른 사례는 전자세금계산서 발급세액공제와 국고보조금과 연구·인력개발비 세액공제에서 함께 정리했습니다.

정리 — 고용증대세액공제 경정청구는 무엇부터 확인하는가

청구액과 환급액이 다르다면 계산을 다시 하기 전에 사업연도부터 나누어 보아야 합니다. 2018·2019사업연도 귀속 공제분은 조세심판원이 한도 규정의 적용을 배제해 왔고, 2020사업연도 이후 공제분은 같은 심판원이 기각해 왔습니다. 하나의 처분 안에 성격이 다른 두 부분이 섞여 있습니다.

자주 묻는 질문

함께 보면 좋은 글 · 전자세금계산서 발급세액공제, 법인은 대상이 아닙니다 · 법인 청산소득, 이월결손금이 그냥 사라지는 경우