결손금 소급공제, 경정청구로는 되돌릴 수 없습니다

호안 작성·검수 · 최종 검수일 2026-09-24 · 2026년 9월 기준 세법으로 작성되었습니다.

결손금 소급공제는 올해의 적자를 작년에 낸 법인세로 돌려받는 제도입니다. 중소기업일 것, 직전 사업연도 한 해분일 것, 결손 사업연도와 직전 사업연도를 모두 기한 안에 신고했을 것, 그리고 신고기한까지 신청할 것. 이 네 가지가 요건이고 실무에서 가장 자주 걸리는 것은 뒤의 둘입니다. 그래서 이 제도에서 가장 중요한 날짜는 결손이 확정된 날이 아니라 신고서를 내는 날입니다. 다만 네 가지를 모두 갖추어도 결손이 난 사업연도에 연결납세방식을 적용하고 있다면 이 제도를 쓸 수 없습니다(연결사업연도 법인세에 준용되는 조문을 정한 법인세법 제76조의20에 소급공제 규정인 제72조가 들어 있지 않습니다. 조심2025서4214, 2026.03.05. 기각). 반대로 직전 사업연도까지만 연결납세방식이었고 결손 사업연도에는 개별납세로 신고했다면 받을 수 있습니다. 조문에 그렇게 쓰여 있어서가 아니라, 조세심판원이 직전 사업연도의 연결납세 신고를 제60조에 따른 신고가 이루어진 것으로 보았기 때문입니다(조심2021서0620, 2021.10.25. 인용).

결손금 소급공제는 무엇을 돌려주는 제도인가

올해 발생한 결손금을 직전 사업연도의 소득에서 뺐다면 줄어들었을 세금만큼을 현금으로 돌려주는 제도입니다. 이월결손금 공제가 앞으로 낼 세금을 줄여 주는 것과 달리, 소급공제는 이미 낸 세금을 되돌려 줍니다.

계산은 두 금액의 차이로 합니다. 직전 사업연도의 법인세 산출세액에서, 직전 사업연도의 과세표준에서 소급공제를 받으려는 결손금을 뺀 금액에 직전 사업연도의 세율을 적용한 금액을 차감합니다(법인세법 제72조 제1항 제1호·제2호). 결손금을 작년 소득에 미리 반영했더라면 세금이 얼마나 적었을지를 역산하는 구조입니다.

적용 대상은 중소기업에 해당하는 내국법인으로 한정됩니다. 그리고 결손이 난 사업연도와 그 직전 사업연도의 법인세 과세표준과 세액을 모두 신고기한 내에 각각 신고한 경우에만 적용됩니다(같은 조 제4항). 작년 신고를 하지 않았다면 올해 결손이 아무리 커도 이 제도를 쓸 수 없습니다.

신고할 때 신청하지 않았다면 되돌릴 수 있는가

되돌릴 수 없습니다. 경정청구는 이 환급에 적용되지 않는다는 것이 대법원의 판단입니다.

경정청구가 닿지 않는 이유

대법원은 결손금 소급공제에 의한 환급이 경정청구의 대상 자체가 아니라고 보았습니다. 이 환급은 중소기업을 대상으로 특별히 조세정책적 목적에서 인정된 제도이므로, 이월결손금의 발생 등 실체적 요건과 함께 과세표준확정신고기한 내에 환급신청을 해야 하는 등 절차적 요건이 충족되어야 한다는 것입니다. 그리고 국세의 과세표준 및 세액의 결정·경정을 구하는 경정청구 규정은 이 환급에 적용되지 않는다고 판시했습니다(대법원 2003. 7. 25. 선고 2001두10721 판결). 이 판결이 다룬 조문은 1998년 12월 28일 전문개정 전의 구 법인세법 제38조의2와 2000년 12월 29일 개정 전의 구 국세기본법 제45조의2입니다. 다만 환급 신청을 신고기한 안에 하도록 묶어 둔 구조는 현행 법인세법 제72조 제2항에서도 같습니다.

여기서 놓치기 쉬운 부분은 이것이 기한을 조금 넘겼다고 해서 구제되는 문제가 아니라는 점입니다. 경정청구 규정 자체가 이 환급에 적용되지 않는다는 판단이므로, 현행 국세기본법 제45조의2가 정한 신고기한 후 5년이라는 일반적인 경정청구 기간도 처음부터 계산할 대상이 아닙니다. 다만 이 판결은 기한 안에 신청해 환급까지 받은 뒤 결손금이 늘어난 경우를 다루지는 않았습니다. 기한 안에 신청해 환급까지 받은 뒤 결손금이 늘어난 경우에 그 증가분을 경정청구로 다투는 것은 뒤에서 보듯 국면이 다릅니다.

절차 요건을 놓친 경우에 대한 최근 판단

세법상 특례를 받기 위한 절차를 기한 내에 이행하지 않은 경우를 어떻게 볼 것인지에 대해, 대법원은 2026년에도 같은 방향의 판단을 내놓았습니다. 벤처기업 주식매수선택권 행사이익의 과세특례 사건에서, 시행령이 정한 방식과 절차를 이행하는 것은 그 특례를 적용받기 위한 필수적 요건에 해당한다고 보았습니다(대법원 2026. 3. 12. 선고 2025두35079 판결). 절차 불이행을 단순한 협력의무 위반으로 보아야 한다는 종래의 주장은 받아들여지지 않았습니다.

이 판결은 조세특례제한법의 다른 조문에 관한 것이어서 결손금 소급공제를 직접 다룬 것은 아닙니다. 다만 신청 절차가 특례의 필수 요건인지 아닌지가 다투어진 국면에서 법원이 어떤 기준을 적용했는지는 분명히 보여 줍니다.

환급 한도는 왜 작년에 낸 세금 전부가 아닌가

한도가 직전 사업연도의 산출세액이 아니라, 거기에서 공제·감면세액을 뺀 차감세액이기 때문입니다. 세액공제를 많이 받은 법인일수록 계산식으로 나온 금액과 실제 환급액의 차이가 벌어집니다.

직전 사업연도의 법인세액 = 차감세액

법인세법 제72조 제1항이 한도로 삼는 「대통령령으로 정하는 직전 사업연도의 법인세액」은, 직전 사업연도의 법인세 산출세액에서 그 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 공제 또는 감면된 법인세액을 차감한 금액을 말합니다(법인세법 시행령 제110조 제1항). 토지등 양도소득에 대한 법인세는 산출세액에서 제외됩니다.

통합투자세액공제나 중소기업 특별세액감면을 적용받아 실제 납부세액이 줄어 있었다면, 돌려받을 수 있는 금액도 그만큼 줄어듭니다. 어떤 공제·감면이 차감세액을 낮추고 있는지는 법인세 세액공제·세액감면을 정리한 글에서 항목별로 확인하실 수 있습니다.

환급액 계산 예시

아래는 전제를 명시한 가정 사례이며 실제 사건의 수치가 아닙니다. 12월 결산 중소기업이 2025사업연도에 과세표준 3억원을 신고하고, 2026사업연도에 결손금 2억원이 발생한 경우를 가정합니다. 이 법인은 부동산임대업을 주된 사업으로 하는 등 법인세법 제60조의2 제1항 제1호에 해당하여 같은 법 제55조 제1항 제2호의 표를 적용받는 법인은 아닌 것으로 전제합니다. 2025사업연도에는 개정 전 세율(2억원 이하 9%, 2억원 초과분 19%)이 적용됩니다.

단계	계산	금액
직전(2025) 과세표준	가정	3억원
직전 산출세액	1,800만원 + (3억원 − 2억원) × 19%	3,700만원
직전 공제·감면세액	가정	1,200만원
직전 사업연도의 법인세액(한도)	3,700만원 − 1,200만원	2,500만원
소급공제 결손금	2026사업연도 결손금 전액	2억원
제1호 금액	직전 산출세액	3,700만원
제2호 금액	(3억원 − 2억원) × 9%	900만원
제1호 − 제2호	3,700만원 − 900만원	2,800만원
실제 환급액	한도 2,500만원 적용	2,500만원

계산식으로는 2,800만원이 나오지만 한도가 적용되어 2,500만원만 환급됩니다. 이 사례에서 한도가 줄인 금액은 300만원이고, 그 차이를 만든 것은 결손금의 크기가 아니라 직전 사업연도에 받은 공제·감면 1,200만원입니다. 소급공제로 얼마를 신청할지 정하기 전에 직전 사업연도의 차감세액부터 확인해야 하는 이유가 여기 있습니다.

소급공제와 이월공제 중 무엇을 고르는가

같은 결손금을 두 방법에 모두 쓸 수는 없습니다. 소급공제를 받은 결손금은 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 이미 공제된 것으로 보기 때문입니다(법인세법 시행령 제10조 제3항 제3호). 신고서를 낼 때 한쪽을 고르는 선택입니다. 다만 환급을 받은 뒤에도 소급공제를 그만두고 이월공제로 돌리는 길이 남아 있는데, 이는 아래에서 따로 다룹니다.

구분	결손금 소급공제	이월결손금 공제
근거 조문	법인세법 제72조	법인세법 제13조 제1항 제1호
대상 법인	중소기업에 해당하는 내국법인	제한 없음
효과가 나는 시점	신청 후 환급 결정 시 현금 유입	이후 소득이 발생하는 사업연도
대상 기간	직전 사업연도 1개	발생 후 15년 이내에 개시하는 사업연도
적용되는 세율	직전 사업연도의 세율	공제받는 사업연도의 세율
한도	직전 사업연도의 차감세액	각 사업연도 소득의 80%(중소기업은 100%)
절차	신고기한까지 환급신청서 제출	별도 신청 없이 신고서에서 공제

세율을 적용하는 시점이 다르다는 점은 2026년에 특히 중요해졌습니다. 법인세율은 2025년 12월 23일 공포된 개정(법률 제21217호)으로 과세표준 2억원 이하 구간이 9%에서 10%로, 2억원 초과 200억원 이하 구간이 1,800만원 + 19%에서 2,000만원 + 20%로 올랐고, 이 개정은 2026년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도의 소득에 대한 법인세액을 계산하는 경우부터 적용됩니다(같은 법 부칙 제5조). 다만 부동산임대업을 주된 사업으로 하는 등 법인세법 제60조의2 제1항 제1호에 해당하는 법인은 같은 법 제55조 제1항 제2호의 표를 적용받아 2억원 이하 구간 자체가 없으므로, 아래 계산은 그에 해당하지 않는 법인을 전제로 합니다.

그래서 12월 결산 법인이 2026사업연도에 결손을 낸 경우, 소급공제는 직전인 2025사업연도의 옛 세율로 환급액이 계산되고 이월공제는 결손금을 실제로 쓰는 2027사업연도 이후의 새 세율로 세금을 줄입니다. 어느 쪽이 유리한지는 과세표준이 어느 구간에 있는지, 앞으로 소득이 언제 날 것인지에 따라 달라지므로 일률적으로 말할 수 없습니다. 다만 두 방법의 계산 기준이 서로 다른 세율이라는 사실 자체를 모른 채 고르면 비교 자체가 성립하지 않습니다.

결손이 예상되는 해에 세 부담을 조정하는 다른 수단으로는 중간예납을 가결산 방식으로 신고하는 방법이 있고, 법인을 정리하는 국면에서 이월결손금이 어디까지 쓰이는지는 법인 청산소득 편에서 따로 다루었습니다.

이미 환급받은 뒤에는 무엇이 열려 있는가

기한을 지켜 환급을 받은 법인이라면 사정이 달라졌을 때 조정 수단이 양쪽에 열려 있습니다. 다만 결손금이 늘어난 쪽의 추가환급은 한시 특례를 적용받은 법인의 사안에서 인정된 것이어서, 일반 사안에도 같은 결론이 나온다고 단정할 수는 없습니다. 수단이 전혀 없는 쪽은 신고 단계에서 신청하지 않은 경우입니다.

첫째, 당초 환급세액 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액이나 과세표준이 달라지면 관할 세무서장이 즉시 당초 환급세액을 경정하여 추가로 환급하거나 과다 환급분을 징수합니다(법인세법 제72조 제6항). 다만 이 항의 요건은 직전 사업연도의 법인세액이나 과세표준이 달라진 경우여서, 결손 사업연도의 결손금 자체가 늘어난 경우는 여기에 들지 않습니다. 결손금이 늘어난 경우에 관해 국세청은 결손금 소급공제 환급을 받은 뒤 정기신고 시 결손금 감소로 정산해 추가납부한 법인이, 신고기한 경과 후 경정으로 결손금이 다시 증가한 사안에서 증가한 결손금에 대해 경정청구로 추가 환급이 가능하다고 회신했습니다(기준-2024-법규법인-0033, 2024. 9. 26.). 이 경로의 경정청구는 신고한 결손금액이 신고하여야 할 결손금액에 미치지 못한 경우에 해당하여 국세기본법 제45조의2 제1항 제2호에 따르는 것이고, 법정신고기한이 지난 후 5년 이내라는 기간 제한을 받습니다. 경정이 있었다는 사정을 안 날부터 3개월인 같은 조 제2항의 후발적 사유 경로가 아니므로, 기간이 3개월뿐이라고 보고 미리 접으실 일은 아닙니다. 다만 이 사안은 2020년 중간예납기간 결손금에 대한 구 조세특례제한법 제8조의4(2020. 5. 19. 법률 제17254호) 한시 특례를 적용받은 법인의 사례입니다. 현행 제8조의4는 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도의 결손금을 직전 2개 과세연도 소득에 소급공제하도록 정한 별개의 특례여서, 같은 조문 번호라도 내용이 다릅니다.

둘째, 소급공제를 그만두고 이월공제로 돌리는 것도 가능합니다. 기획재정부는 법인세법 제72조 또는 조세특례제한법 제8조의4에 따라 소급공제를 적용받은 중소기업인 내국법인이 국세기본법 제45조 제1항에 따라 그 결손금을 소급공제받지 아니한 것으로 수정신고하고, 결손금이 발생한 사업연도 이후 사업연도의 과세표준을 계산할 때 이월결손금 공제를 받을 수 있다고 해석했습니다(기획재정부 법인세제과-615, 2025. 12. 8.). 다만 수정신고를 아무 때나 낼 수 있는 것은 아닙니다. 국세기본법 제45조 제1항은 관할 세무서장이 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지, 그리고 같은 법 제26조의2 제1항부터 제4항까지에 따른 부과제척기간이 끝나기 전까지로 시기를 이중으로 제한합니다. 경정이 진행 중인 법인이라면 통지가 나가는 순간 이 길이 닫히므로, 전환 여부는 통지 전에 정하셔야 합니다.

구분	유형 A — 신고기한까지 신청하지 않은 경우	유형 B — 이미 환급받은 경우
상황	신고기한까지 환급신청서를 내지 않았다	신청해 환급을 받은 뒤 사정이 달라졌다
경정청구로 소급공제 신청	불가(대법원 2001두10721)	신청은 이미 마쳤다(증가한 결손금의 추가환급은 아래 행의 경정청구 축)
결손금이 늘어난 경우	늘어난 결손금도 이월공제로만 쓴다	경정청구로 추가환급(기준-2024-법규법인-0033 · 한시 특례 사안)
결손금이 줄어든 경우	해당 없음	과다환급분에 이자상당액을 더해 징수(제72조 제5항)
소급공제를 이월공제로 전환	해당 없음	받은 환급세액을 함께 납부하고 수정신고(결정·경정 통지 전·부과제척기간 내, 기획재정부 법인세제과-615)
남은 길	이후 사업연도의 이월결손금 공제	경정과 수정신고로 양방향 조정(추가환급은 한시 특례 사안)

결손금이 줄면 환급받은 세금을 돌려주어야 합니다

환급 이후 경정으로 결손금이 감소하거나, 직전 사업연도의 경정으로 환급세액이 감소하거나, 중소기업이 아닌 법인이 환급을 받은 것으로 드러나면 이자상당액을 더한 금액을 결손 사업연도의 법인세로 징수합니다. 앞의 두 경우에는 과다하게 환급한 세액 상당액이, 중소기업이 아닌 법인이 환급받은 경우에는 환급세액 전액이 징수 대상입니다(법인세법 제72조 제5항).

추징세액 산식

징수할 법인세액은 당초 환급세액에, 감소된 결손금액 중 소급공제받지 아니한 결손금을 초과하는 금액을 소급공제 결손금액으로 나눈 비율을 곱해 계산합니다(법인세법 시행령 제110조 제3항). 같은 항 단서는 결손금 중 일부만 소급공제받은 경우 소급공제받지 아니한 결손금이 먼저 감소한 것으로 본다고 정하고 있습니다.

이 단서는 실무에서 완충 역할을 합니다. 결손금 5억원 중 2억원만 소급공제를 받았다면, 경정으로 결손금이 1억원 줄어도 그 1억원은 소급공제받지 않은 3억원에서 먼저 차감되므로 환급세액을 토해 내지 않습니다. 결손금 전액을 소급공제에 넣을지 일부만 넣을지를 정할 때 함께 따져 볼 부분입니다.

이자상당액의 이율

이자상당액은 법인세법 제72조 제5항에 따른 환급세액, 즉 앞의 두 경우에는 과다하게 환급한 세액 상당액에 당초 환급세액의 통지일 다음 날부터 징수하는 법인세액의 고지일까지의 기간에 대해 1일 10만분의 22의 율을 곱해 계산합니다(법인세법 시행령 제110조 제4항 제1호·제2호). 연 단위로 환산하면 8%를 넘는 수준입니다.

같은 항 제2호 단서는 과다하게 환급받은 데 정당한 사유가 있는 때에는 국세기본법 시행령 제43조의3 제2항 본문에 따른 이자율, 즉 국세환급가산금 이자율을 적용하도록 하고 있습니다. 이 단서는 2012년 시행령 개정으로 들어왔습니다. 조세심판원은 직전 사업연도의 경정으로 당초 환급세액이 줄어 추징이 이루어진 개정 전 사안에서 「법인세 환급세액을 추징하는데 있어 납세자의 귀책사유가 없다고 하여 이자상당액을 가산하지 아니하거나 이자율을 달리 적용하도록 규정하고 있지는 아니하므로 위 규정의 이자상당액을 적용하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다」고 판단한 바 있습니다(조심2012중2449. 당시 적용된 조문은 시행령 제110조 제5항으로, 현행 제4항에 해당합니다).

정리 — 이 제도의 승부는 신고서를 내기 전에 납니다

결손금 소급공제에서 결과를 정하는 것은 계산이 아니라 신청 시점입니다. 신고기한까지 환급신청서를 내면 직전 사업연도의 차감세액을 한도로 현금이 돌아오고, 그 기한까지 내지 않으면 경정청구 규정 자체가 적용되지 않습니다. 신고기한이 지날 때까지 「이월공제로 두자」고 넘긴 판단은 그대로 확정됩니다.

반대로 이미 환급을 받은 뒤라면 조정 수단은 양쪽에 다 있습니다. 결손금이 늘면 추가환급을, 소급공제를 그만두려면 수정신고를 통한 이월공제 전환을 택할 수 있고, 결손금이 줄면 과다하게 환급한 세액에 이자상당액까지 더해 돌려주게 됩니다. 다만 추가환급이 인정된 국세청 회신은 한시 특례를 적용받은 법인의 사안이고, 전환을 위한 수정신고는 받은 환급세액을 함께 납부해야 하고, 결정·경정 통지 전까지 그리고 부과제척기간이 끝나기 전까지라는 두 시기 제한을 받습니다.

자주 묻는 질문

함께 보면 좋은 글 · 법인세 중간예납, 실적이 나쁜 해에 세금을 줄이는 방법 · 법인 청산소득, 이월결손금이 그냥 사라지는 경우