세무조사 종류, 통합조사·세목별조사·부분조사는 무엇이 다른가

세무법인 호안 작성 · 검수 김해인 세무사 · 최종 검수일 2026-10-01 · 2026년 10월 기준 세법으로 작성되었습니다.

세무조사의 종류를 알면 과세관청이 무엇을 확인하려는지가 보입니다. 통합조사는 사업 전체를 보겠다는 뜻이고, 부분조사는 특정 거래나 항목에 확인할 사유가 생겼다는 뜻입니다. 사전통지서에는 조사할 세목과 과세기간, 조사 사유가 적히고, 부분조사라면 그 범위까지 적힙니다. 호안이 법인 세무조사 상담에서 통지서를 받으면 가장 먼저 읽는 칸도 이 네 칸이고, 준비 범위는 조사 종류를 확정한 다음에 정합니다.

조사 종류를 확정하고 준비 범위를 정한 뒤, 결과 통지를 받고 그 내용에 이의가 있을 때 다툴 수 있는 사항은 과세전적부심사 청구에서 다뤘습니다.

조사 종류가 정해지면 다음으로 궁금한 것이 누가 조사 대상이 되는지인데, 상속세 사안에서의 대상 범위와 확인 항목은 상속세 세무조사 대상과 확인 범위에서 다뤘습니다.

세무조사 종류는 무엇을 기준으로 나누는가

세무조사는 대상자를 고른 경로, 조사하는 범위, 조사하는 방법이라는 세 기준으로 나눕니다. 세 기준은 서로 겹쳐서 적용되므로, 한 번의 조사가 「정기선정 · 통합조사 · 전부조사」처럼 세 가지 이름을 동시에 가집니다.

기준	종류	근거	알 수 있는 것
선정 경로	정기선정 · 비정기선정	국세기본법 제81조의6	과세관청이 조사에 착수한 이유
조사 범위	통합조사 · 세목별조사 · 부분조사	국세기본법 제81조의11	조사하는 세목·과세기간·거래
조사 방법	전부조사 · 간편조사 등	조사사무처리규정 제17조	장부 전체를 보는지, 문제점 중심으로 보는지

정기선정과 비정기선정

정기선정은 개별 탈루 혐의가 없어도 정기 성실도 분석·장기 미조사·무작위 표본처럼 법이 정한 기준에 따라 대상이 되는 경우이고, 비정기선정은 개별 납세자에게 특정한 혐의나 의무 위반이 있어 대상이 되는 경우입니다. 정기선정 사유는 성실도 분석 결과 불성실 혐의가 있는 경우, 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 않은 경우, 무작위추출 표본조사의 세 가지입니다(국세기본법 제81조의6 제2항). 비정기선정 사유는 납세협력의무 불이행, 무자료·위장·가공거래 혐의, 구체적인 탈세 제보, 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료, 세무공무원에 대한 금품 제공의 다섯 가지입니다(같은 조 제3항). 선정 사유별 대응 절차는 세무조사 대응, 사전통지 20일부터 불복 90일까지에서 따로 정리했습니다.

소규모 성실사업자의 정기조사 제외

수입금액이 일정 규모 이하이고 장부 기장 등 요건을 갖춘 사업자에게는 정기선정에 의한 조사를 하지 않을 수 있습니다(국세기본법 제81조의6 제5항). 법인은 수입금액 3억 원 이하가 기준이고, 복식부기 기장, 신용카드·현금영수증 가맹, 전자세금계산서 발급 등 시행령 제63조의5 제2항의 요건을 함께 갖춰야 합니다. 객관적인 증거자료로 과소신고한 것이 명백한 경우에는 이 제외가 적용되지 않습니다.

통합조사와 세목별조사는 범위가 어떻게 다른가

통합조사는 법인세·부가가치세·원천징수 등 사업과 관련해 신고·납부 의무가 있는 세목을 한 번에 조사하는 방식이고, 세목별조사는 그중 특정 세목만 조사하는 방식입니다. 국세기본법은 통합조사를 원칙으로 정하고 세목별조사를 예외로 둡니다.

통합조사 원칙

세무조사는 납세자의 사업과 관련해 세법에 따라 신고·납부 의무가 있는 세목을 통합해 실시하는 것이 원칙입니다(국세기본법 제81조의11 제1항). 같은 과세기간을 세목마다 따로 조사하면 납세자가 여러 번 조사를 받게 되므로, 한 번에 묶어 보도록 한 규정입니다. 법인이 통합조사 통지를 받았다면 통지서에 적힌 세목·과세기간 전체가 조사 대상이라고 보고 준비하는 것이 맞습니다. 통지에 없는 세목이나 과세기간으로 넓히려면 제81조의9에 따른 범위 확대 사유와 문서 통지가 있어야 합니다.

세목별조사 사유

특정 세목만 조사할 수 있는 경우는 세 가지입니다(같은 조 제2항). 세목의 특성·신고유형·사업규모·탈루 혐의를 고려해 특정 세목만 볼 필요가 있는 경우, 조세채권 확보를 위해 특정 세목만 긴급히 조사할 필요가 있는 경우, 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우입니다. 국세청 조사사무처리규정은 이를 「세목별조사」라고 부르고, 특정 세목만 조사하는 것으로 정의합니다(제3조).

부분조사는 언제 받게 되는가

부분조사는 법이 정한 6가지 사유 중 하나가 있을 때, 그 사유를 확인하는 데 필요한 부분으로 한정해 실시합니다(국세기본법 제81조의11 제3항). 사유가 곧 조사 범위이므로, 통지서에 적힌 부분조사 범위를 보면 과세관청이 확인하려는 거래가 무엇인지 알 수 있습니다.

부분조사 사유 6가지

호	부분조사 사유	2회 한도 계산
제1호	경정청구 처리 또는 국세환급금 결정을 위한 확인	포함하지 않음
제2호	불복 절차의 재조사 결정에 따른 사실관계 확인	포함하지 않음
제3호	거래상대방 세무조사 중 거래 일부의 확인	포함
제4호	구체적인 탈세 제보가 있는 경우 그 혐의의 확인	포함
제5호	명의위장·차명계좌를 이용한 탈루 혐의의 확인	포함
제6호	특정 사업장·항목·거래의 확인이 필요한 경우로서 시행령이 정하는 경우	포함

경정청구를 넣은 법인에 세무서가 확인을 나오는 경우, 그 확인은 제1호의 부분조사로 실시될 수 있습니다. 조사인지는 사전통지서에 부분조사 범위가 적혀 있는지로 확인하고, 제1호의 부분조사라면 범위는 경정청구 처리에 필요한 부분으로 한정됩니다.

시행령이 정한 부분조사 사유

제6호의 「대통령령으로 정하는 경우」는 국세기본법 시행령 제63조의12가 다섯 가지로 정합니다. 법인 대표님이 가장 자주 마주치는 것은 제1호로, 법인이 주식이나 출자지분을 시가보다 높거나 낮게 거래했거나 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호·제8호의2의 자본거래로 특수관계인인 다른 주주에게 이익을 분여하거나 분여받은 구체적인 혐의가 있는 경우입니다. 나머지는 무자료·위장·가공 거래 혐의로 긴급한 조사가 필요한 경우, 과세관청 외의 기관이 제공한 자료를 처리하는 경우, 조세조약상 비과세·면제 신청 내용을 확인하는 경우, 정상가격 산출방법 사전승인 신청의 취소·철회나 상호합의절차 중단으로 신청 내용을 확인하는 경우입니다. 증자·감자 과정의 이익 분여 판단은 부당행위계산부인, 3억이 넘지 않아도 적용되는 자본거래에서 따로 다룹니다.

자본거래를 살필 때는 설립 때 자본금과 주주별 지분이 어떻게 정해졌는지도 함께 보게 되며, 그 순서는 가족법인 설립 시 자본금·지분 설계에서 정리했습니다.

부분조사 범위 밖의 재조사

부분조사를 받았다고 그 과세기간 전체의 조사가 끝나는 것은 아닙니다. 같은 세목·같은 과세기간에 대한 재조사는 원칙적으로 금지되지만, 부분조사를 실시한 뒤 그 조사에 포함되지 않은 부분을 조사하는 경우는 재조사 금지의 예외로 명시돼 있습니다(국세기본법 제81조의4 제2항 제6호). 부분조사 결과를 받은 뒤에도 조사 범위에 들지 않았던 거래의 증빙은 그대로 보관해 두어야 합니다.

부분조사 2회 한도 계산 사례

제3호부터 제6호까지의 사유로 한 부분조사만 같은 세목·같은 과세기간 기준으로 2회까지 셉니다. 제1호(경정청구 확인)와 제2호(재조사 결정)에 따른 부분조사는 횟수에 넣지 않습니다.

2024 사업연도 법인세에 대해 부분조사를 차례로 받은 법인을 가정합니다. 첫 번째는 경정청구 처리를 위한 확인(제1호), 두 번째는 특정 거래처와의 거래에 대한 탈세 제보 확인(제4호), 세 번째는 거래상대방 세무조사 중 거래 일부의 확인(제3호)입니다. 한도 계산에 들어가는 것은 두 번째와 세 번째뿐이므로 이 시점에 2회가 채워지고, 2024 사업연도 법인세에 대해 제3호~제6호 사유의 부분조사를 한 번 더 하는 것은 제81조의11 제4항에 어긋납니다. 다만 앞선 부분조사에 포함되지 않은 부분은 통합조사·세목별조사나 제1호·제2호 사유의 부분조사로 다시 조사할 수 있습니다(제81조의4 제2항 제6호). 제3호~제6호 사유의 부분조사는 이 경우에도 세 번째가 허용되지 않습니다.

전부조사와 간편조사는 조사 방법이 어떻게 다른가

전부조사는 장부·증빙·실물·거래처·금융거래까지 현장에서 확인하는 방법이고, 간편조사는 서면 검토에서 파악한 문제점을 중심으로 해명자료를 받아 검증하거나 짧게 현장조사하는 방법입니다. 이 구분은 국세기본법이 아니라 국세청 훈령인 조사사무처리규정 제17조가 정한 조사 방법입니다.

간편조사의 대상과 진행

간편조사는 일정한 요건을 갖춘 중소기업 등을 대상으로, 최소한의 해명자료를 요구해 검증하거나 현장조사를 짧은 기간에 실시하고 회계·세무 처리 과정에서 유의할 사항을 안내하는 조사입니다(조사사무처리규정 제3조). 진행 방식은 서면심리와 준비조사에서 파악한 문제점을 중심으로 우편 질문을 보내 해명자료를 검증하거나, 단기간 현장조사를 하는 것입니다(같은 규정 제17조). 문제점을 미리 특정해 두고 시작하는 조사이므로, 질문을 받은 항목의 해명자료를 빠짐없이 준비하는 것이 대응의 중심입니다.

조사 장소

세무조사는 납세자의 주사무소나 주된 사업장, 주소지 또는 조사관서에서 실시합니다(조사사무처리규정 제33조). 소규모 납세자에 대해 조사 기간의 대부분을 조사관서 사무실에서 진행하는 방식도 규정에 따로 정의돼 있습니다(같은 규정 제3조). 납세자가 신청하면 승인을 받아 다른 장소에서 조사를 받을 수도 있습니다.

현장확인의 세무조사 해당 여부

현장확인이라는 이름으로 나왔더라도 실질이 세무조사면 재조사 금지 등 세무조사 규정이 적용됩니다. 대법원은 세무공무원이 납세자에게 질문하고 장부 검사를 수인하게 해 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미쳤다면, 절차 명칭이 현지확인이더라도 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 판단했습니다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결). 사업장 현황 확인이나 단순한 기장 확인처럼 사실관계를 확인하는 데 그치는 경우는 원칙적으로 세무조사에 해당하지 않습니다.

사전통지서에서 조사 종류를 어떻게 읽는가

사전통지서의 조사대상 세목·과세기간·조사 사유 칸과, 부분조사라면 그 범위 칸을 차례로 읽으면 조사 종류가 확인됩니다. 세무공무원은 조사 시작 20일 전까지(재조사 결정에 따른 재조사는 7일 전까지) 납세자에게 조사대상 세목·조사기간·조사 사유를 통지해야 하고(국세기본법 제81조의7 제1항), 시행령은 통지 문서에 부분조사를 실시하는 경우 해당 부분조사의 범위를 적도록 정합니다(시행령 제63조의6 제1항). 다만 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 통지 없이 조사가 시작될 수 있고, 이때는 조사를 시작할 때 세무조사통지서를 교부합니다.

통지서 두 장의 비교

연 수입금액 80억 원인 제조법인이 서로 다른 시기에 아래 두 통지서를 받았다고 가정합니다.

통지서 칸	통지서 ①	통지서 ②
조사대상 세목	법인세 · 부가가치세	법인세
과세기간	2023 · 2024 사업연도	2024 사업연도
조사 사유	정기선정(성실도 분석)	특수관계인 주주에게 비상장주식을 시가보다 낮게 양도한 혐의 확인
부분조사 범위	없음	해당 주식 양도 거래
조사 종류	정기선정 · 통합조사	부분조사(시행령 제63조의12 제1호) · 2회 한도 계산에 포함

통지서 ①은 두 사업연도의 법인세·부가가치세 전반을 보는 조사이므로 회계 처리 전체를 점검해 두어야 합니다. 통지서 ②는 주식 양도 거래 한 건을 보는 조사입니다. 통지서 ②를 받았다면 두 사업연도 장부 전체를 준비하기보다, 양도가액 산정 근거와 시가 평가 자료부터 차근차근 정리하는 편이 효율적입니다.

조사기간 20일 기준

조사대상 과세기간 중 연간 수입금액이 가장 큰 과세기간의 수입금액이 100억 원 미만이면 세무조사 기간은 20일 이내입니다(국세기본법 제81조의8 제2항). 이 기준으로 위 제조법인과 수입금액 150억 원인 법인을 비교하면 다음과 같습니다.

구분	수입금액 80억 원 법인	수입금액 150억 원 법인
최초 조사기간	20일 이내	20일 제한 없음(기간을 최소한으로 정할 의무만 적용)
연장	연장 사유(제1항 단서)가 있을 때, 최초 연장은 관할 세무관서장 승인, 2회 이후는 상급 세무관서장 승인, 각각 20일 이내	법에서 정한 연장 사유가 있을 때 연장
기간 제한이 풀리는 경우	무자료·위장·가공거래, 역외거래 탈루, 명의위장·이중장부·차명계좌, 부동산 투기, 상속세·증여세·주식변동·범칙사건 조사와 관련자 동시조사(같은 조 제3항 단서)

정리 — 세무조사 통지를 받은 법인의 확인 순서

통지서의 세목·과세기간·조사 사유·부분조사 범위를 먼저 읽고 조사 종류를 확정한 뒤 준비 범위를 정합니다. 통합조사라면 통지된 세목·과세기간 전체를, 부분조사라면 통지된 거래를 중심으로 준비하되 조사 범위 확대와 범위 밖 재조사의 가능성까지 염두에 둡니다. 부분조사가 반복되고 있다면 같은 세목·같은 과세기간 기준으로 제3호~제6호 사유의 횟수를 세어 제81조의11 제4항의 한도를 넘는지 확인합니다.

자주 묻는 질문

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