청산 잔여재산 분배, 주주가 한 번 더 내는 세금
핵심요약
법인을 청산하면 회사와 주주가 각각 세금을 부담하므로, 두 단계를 함께 계산해야 실제로 손에 남는 금액이 보입니다 — 주주 쪽은 분배액에서 주식 취득에 사용한 금액을 뺀 초과분이 먼저 의제배당으로 잡힙니다.
주주 단계의 계산
- 의제배당 = 잔여재산 분배로 취득하는 금전·재산의 가액 − 그 주식을 취득하기 위하여 사용한 금액(소득세법 §17②3호, 법인세법 §16①4호)
- 취득가액이 불분명하면 액면가액을 취득에 사용한 금액으로 봅니다(소득세법 §17④)
- 조직변경은 제외 — 상법에 따른 조직변경 등은 의제배당으로 보지 않습니다(§17②3호 단서)
순서가 정해져 있습니다
- 채무를 모두 완제한 후가 아니면 회사재산을 분배하지 못합니다(상법 §260 · §542① 준용). 완제 전에 분배했더라도 청산에서 제외된 채권자는 분배되지 아니한 잔여재산에 대해서만 변제를 청구할 수 있습니다(§537①)
이런 대표님께 권합니다.
- 청산을 진행하며 주주에게 얼마가 남는지 계산해야 하는 대표
- 설립 당시 출자 증빙이 없어 취득가액 산정이 걱정되는 오너
- 법인을 접는 대신 조직변경을 검토 중인 실무 담당자
청산 상담에서 자주 생기는 오해가 하나 있습니다. 회사가 청산소득 법인세를 냈으니 주주 단계는 끝났다고 보는 것입니다. 그런데 회사 세금과 주주 세금은 별도로 계산됩니다. 남은 재산을 나눠 받는 순간 주주에게 의제배당이 생깁니다. 회사 단계가 끝나도 주주 단계가 그대로 남아 있습니다.
주주에게는 어떤 소득이 생기는가
의제배당입니다. 분배받은 금액에서 그 주식을 취득하는 데 쓴 금액을 뺀 초과분이 대상입니다.
소득세법 §17②3호
해산한 법인의 주주·사원·출자자 또는 구성원이 그 법인의 해산으로 인한 잔여재산의 분배로 취득하는 금전이나 그 밖의 재산의 가액이 해당 주식·출자지분 또는 자본을 취득하기 위하여 사용된 금액을 초과하는 금액을 의제배당으로 봅니다. 법인 주주에게는 법인세법 §16①4호가 같은 구조로 적용됩니다.
소득세법 §17②3호 · 해산에 따른 의제배당
“해산한 법인(법인으로 보는 단체를 포함한다)의 주주·사원·출자자 또는 구성원이 그 법인의 해산으로 인한 잔여재산의 분배로 취득하는 금전이나 그 밖의 재산의 가액이 해당 주식·출자지분 또는 자본을 취득하기 위하여 사용된 금액을 초과하는 금액. 다만, 내국법인이 조직변경하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. 가. 「상법」에 따라 조직변경하는 경우 …”
계산 예시
잔여재산 5억 원을 지분 100퍼센트 주주가 분배받는 경우입니다.
| 항목 | 금액 | 근거 |
|---|---|---|
| 잔여재산 분배액 | 500,000,000원 | 채무 변제 후 남은 재산 |
| 주식 취득에 사용한 금액 | 100,000,000원 | 설립·증자 시 출자액 |
| 의제배당 | 400,000,000원 | 500,000,000 − 100,000,000(§17②3호) |
계산 전제는 지분 100퍼센트 주주가 단독으로 분배받고, 설립·증자 당시 출자액 1억 원의 증빙이 확인되며, 회사 단계의 청산소득 법인세를 납부한 뒤의 잔여재산이 5억 원이라고 두었습니다. 주주의 다른 소득과 합산한 세액은 별도로 계산합니다.
취득가액을 확인할 수 없으면 어떻게 되는가
액면가액을 취득에 사용한 금액으로 봅니다. 오래된 법인에서 실제로 적용되는 경우가 많습니다.
소득세법 §17④의 추정
주식 또는 출자지분을 취득하기 위하여 사용한 금액이 불분명한 경우에는 그 주식 또는 출자지분의 액면가액을 취득에 사용한 금액으로 봅니다. 무액면주식은 취득일 당시 발행법인의 자본금을 발행주식총수로 나눈 금액을 기준으로 합니다.
취득가액 증빙이 없으면 액면가액으로 계산된다
액면가액보다 높은 금액으로 출자했다면 그 증빙이 있어야 공제받을 수 있습니다. 액면 5,000원짜리 주식을 주당 5만 원에 인수했더라도 증빙이 없으면 5,000원으로 계산되어 의제배당이 되레 커집니다. 청산 결정 전에 주식 취득 경위 자료를 정리해 두어야 하는 이유입니다.
| 구분 | 증빙 있음 | 증빙 없음 |
|---|---|---|
| 분배액 | 500,000,000원 | 500,000,000원 |
| 주당 인수가액 | 50,000원 | 50,000원(증빙 없음) |
| 인정되는 취득가액 | 100,000,000원 | 10,000,000원(액면 5,000원) |
| 의제배당 | 400,000,000원 | 490,000,000원 |
보유 주식 2,000주를 주당 5만 원에 인수했다고 두고 계산한 것입니다. 증빙이 없으면 인정되는 취득가액이 액면 기준 1,000만 원으로 줄어 의제배당이 9,000만 원 늘어납니다.
회사 세금과 주주 세금을 합쳐 보면
두 단계가 순서대로 적용됩니다. 앞 단계에서 낸 세금이 뒤 단계의 과세 대상을 줄이므로, 순서를 바꿔 계산하면 세액이 달라집니다.
두 축의 관계
회사는 잔여재산 가액에서 자기자본 총액을 뺀 청산소득에 법인세를 냅니다(법인세법 §79①). 그 법인세를 납부한 뒤 남은 재산이 주주에게 분배되고, 주주는 그 분배액에서 취득가액을 뺀 금액에 의제배당 과세를 받습니다.
| 단계 | 과세 대상 | 계산 | 근거 |
|---|---|---|---|
| 회사 | 청산소득 | 잔여재산 가액 − 자기자본 총액 | 법인세법 §79① |
| 주주(개인) | 의제배당 | 분배액 − 취득에 사용한 금액 | 소득세법 §17②3호 |
| 주주(법인) | 의제배당 | 같은 구조 | 법인세법 §16①4호 |
채무를 변제하기 전에는 재산을 나눌 수 없다
채무를 변제하기 전에는 재산을 나눌 수 없습니다. 청산인은 회사의 채무를 완제한 후가 아니면 회사재산을 분배하지 못합니다(상법 §260, §542①에 따라 주식회사에 준용). 다만 다툼이 있는 채무는 그 변제에 필요한 재산을 보류하고 잔여재산을 분배할 수 있습니다(§260 단서). 한편 §537은 분배 이후의 처리를 정한 조문으로, ①은 청산에서 제외된 채권자가 분배되지 아니한 잔여재산에 대하여서만 변제를 청구할 수 있다고 정하고, ②는 일부 주주에게 재산을 분배한 경우 그와 동일한 비율로 다른 주주에게 분배할 재산을 그 잔여재산에서 공제한다고 정합니다.
조직변경은 왜 제외되는가
회사가 사라지지 않기 때문입니다. 법인격이 유지되면 분배가 아니라 형태 변경입니다.
회사 세금만 보고 덜컥 배분하면 주주 단계 쟁점이 그대로 남습니다.
§17②3호 단서
내국법인이 조직변경하는 경우로서 상법에 따라 조직변경하는 경우, 특별법에 따라 설립된 법인이 해당 특별법의 개정 또는 폐지에 따라 상법에 따른 회사로 조직변경하는 경우, 그 밖에 법률에 따라 조직변경하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 의제배당에서 제외됩니다.
청산과 조직변경, 목적에 따른 선택
사업을 접는 것이 목적이면 청산이지만, 형태만 바꾸려는 것이라면 조직변경이 선택지가 됩니다. 조직변경은 주주 단계 과세가 발생하지 않으므로, 목적이 무엇인지에 따라 세부담이 크게 갈립니다.
우리 회사는 어느 유형에 가까운가
취득가액 증빙과 목적이 판단을 정합니다.
| 유형 | 상황 | 먼저 확인할 것 |
|---|---|---|
| A. 증빙이 남아 있는 경우 | 출자 내역과 증자 이력이 확인됨 | 취득에 사용한 금액을 실액으로 계산. 의제배당이 줄어듦 |
| B. 증빙이 없는 오래된 법인 | 설립이 오래되어 출자 자료가 없음 | 액면가액 추정이 적용됨(§17④). 청산 전 자료 확보 시도 |
| C. 형태만 바꾸려는 경우 | 사업은 계속하되 조직만 변경 | 조직변경 요건 해당 여부. 해당하면 주주 단계 과세 없음 |
정리 · 분배 전에 무엇부터 확인하는가
결론
증빙이 있는 A유형이라면, 실제 출자액으로 계산하는 편이 유리합니다. 액면가액보다 높은 금액을 공제받을 수 있습니다.
증빙이 없는 B유형이라면, 청산 결정 전에 자료 확보를 먼저 시도해야 합니다. 액면가액 추정이 적용되면 의제배당이 커집니다.
형태만 바꾸려는 C유형이라면, 조직변경 요건을 확인하는 것이 순서입니다. 해당하면 주주 단계 과세가 생기지 않습니다.
회사를 정리하며 남는 재산을 주주에게 어떻게 나눌지 앞두고 계시다면 1:1 상담을 신청해 주십시오. 세무법인 호안이 회사 청산소득과 주주 의제배당을 한 장에 놓고 계산해 드립니다.
자주 묻는 질문
회사가 청산소득 법인세를 냈으면 주주는 세금이 없나요?
별도로 발생합니다. 회사는 법인세법 §79①에 따라 청산소득에 법인세를 부담하고, 주주는 잔여재산 분배액에서 주식 취득에 사용한 금액을 뺀 초과분에 의제배당으로 과세됩니다(소득세법 §17②3호, 법인세법 §16①4호).
출자 증빙이 없으면 취득가액은 어떻게 계산하나요?
소득세법 §17④에 따라 액면가액을 취득에 사용한 금액으로 봅니다. 무액면주식은 취득일 당시 발행법인의 자본금을 발행주식총수로 나눈 금액을 기준으로 합니다.
액면가보다 높은 금액으로 인수한 주식은 그 금액을 공제받나요?
증빙이 있으면 실제 사용한 금액으로 공제받습니다. 다만 그 금액이 불분명하면 액면가액 추정이 적용되므로, 인수 계약서와 대금 이체 내역 같은 자료를 갖춰 두어야 합니다.
조직변경도 의제배당인가요?
제외됩니다. 소득세법 §17②3호 단서는 상법에 따라 조직변경하는 경우 등을 의제배당에서 제외하고 있습니다. 법인격이 유지되므로 잔여재산 분배가 아니라 형태 변경으로 보는 것입니다.
채무를 다 못 갚았는데 먼저 분배해도 되나요?
원칙적으로 안 됩니다. 청산인은 회사의 채무를 완제한 후가 아니면 회사재산을 분배하지 못합니다(상법 §260, §542① 준용). 다툼이 있는 채무만 변제에 필요한 재산을 보류하고 나머지를 분배할 수 있습니다. 완제 전에 분배했더라도 청산에서 제외된 채권자는 분배되지 아니한 잔여재산에 대하여 변제를 청구할 수 있고(§537①), 일부 주주에게 먼저 분배한 몫은 다른 주주 분배분에서 공제됩니다(§537②).
법인 주주도 같은 방식으로 계산하나요?
법인세법 §16①4호가 해산한 법인의 주주등인 내국법인이 법인의 해산으로 인한 잔여재산의 분배로 취득하는 금전과 그 밖의 재산의 가액이 그 주식등을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액을 의제배당으로 규정합니다. 계산 구조는 개인 주주와 같습니다.
근거·출처
- 소득세법 §17②3호(해산에 따른 의제배당과 조직변경 제외) · §17④(취득가액 불분명 시 액면가액)
- 법인세법 §16①4호(해산 시 잔여재산 분배 의제배당) · §79①(청산소득 금액의 계산)
- 상법 §260(잔여재산의 분배 — 채무 완제 후 분배) · §542①(주식회사 준용) · §537①②(제외된 채권자에 대한 변제, 주주 간 분배재산 공제)
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세무법인 호안 작성 · 검수 김해인 세무사 · 최종 검수일 2026-09-10. 본 글은 작성일 기준 현행 법령으로 확인했습니다. 계산 예시는 구조를 보이기 위한 것이며 실제 세부담은 주주의 다른 소득과 합산해 판단합니다.