법인 분할 세금, 적격분할 요건과 사후관리 2년

세무법인 호안 작성 · 검수 김해인 세무사 · 최종 검수일 2026-10-03 · 2026년 10월 기준 세법으로 작성되었습니다.

법인 분할은 세금 없이 회사를 둘로 나누는 절차가 아니라, 요건을 맞췄을 때만 세금을 뒤로 미뤄 주는 구조입니다. 승계를 앞둔 대표가 제조와 유통처럼 성격이 다른 사업을 법인 하나로 운영하고 있다면, 한 부문을 떼어 자녀가 맡을 법인으로 만드는 방안을 검토하게 됩니다. 이때 세법은 분할한 법인이 사업부문을 새 법인에 시가로 판 것으로 보고, 주주가 받은 새 주식도 배당으로 봅니다. 적격분할 요건을 갖춰야 이 두 과세가 미뤄지고, 분할 뒤 정해진 기간 동안 사업과 주식, 고용을 유지해야 그 효과가 남습니다.

법인을 분할하면 어떤 세금이 생기나

세 단계에서 세금이 생깁니다. 분할하는 법인에는 넘긴 자산의 양도차익에 대한 법인세가, 주주에게는 받은 새 주식에 대한 의제배당 소득세가, 새 법인에는 넘겨받은 부동산에 대한 취득세가 생깁니다. 아래 표는 적격분할 요건을 갖췄을 때와 갖추지 못했을 때를 단계별로 나눈 것입니다.

과세 단계	적격분할이 아닐 때	적격분할일 때	근거
분할하는 법인	넘긴 사업부문의 양도가액에서 순자산 장부가액을 뺀 양도차익을 분할등기일이 속하는 사업연도 소득에 산입	양도가액을 장부가액으로 보아 양도차익이 없는 것으로 할 수 있음	법인세법 제46조·제46조의5
주주	받은 새 주식의 가액이 줄어든 옛 주식의 취득가액을 넘는 금액이 배당소득	받은 새 주식을 옛 주식의 취득가액으로 보아 의제배당이 생기지 않음	소득세법 제17조 제2항 제6호, 시행령 제27조
새 법인(분할신설법인)	자산을 시가로 넘겨받은 것으로 봄	장부가액으로 넘겨받고 시가와의 차이는 자산조정계정으로 따로 관리	법인세법 제46조의2·제46조의3
새 법인의 부동산 취득세	일반 취득세	사업용 재산 취득세의 50% 경감(2027년 12월 31일까지 취득분)	지방세특례제한법 제57조의2 제3항 제2호

분할하는 법인은 넘긴 사업부문을 시가로 판 것으로 봅니다

적격분할이 아니면 분할하는 법인은 사업부문의 자산을 새 법인에 양도한 것으로 보고, 양도가액에서 분할등기일 현재 순자산 장부가액을 뺀 금액을 그 사업연도 소득에 넣습니다. 분할한 뒤에도 원래 법인이 남아 있는 존속분할도 같은 방식으로 계산합니다(법인세법 제46조의5). 오래 보유한 공장 토지처럼 장부가액이 낮은 자산을 넘길수록 양도차익이 커집니다.

주주는 받은 새 주식이 배당소득으로 과세될 수 있습니다

인적분할에서는 새 법인의 주식이 분할하는 법인의 주주에게 바로 갑니다. 소득세법은 이렇게 받은 분할대가가 분할로 줄어든 옛 주식의 취득가액을 넘으면 그 차액을 배당으로 봅니다. 적격분할 요건 중 사업기간·사업부문 요건과 대가·배정 요건을 갖추면, 받은 주식을 옛 주식의 취득가액으로 평가하므로 이 차액이 생기지 않습니다(소득세법 시행령 제27조 제1항 제1호 나목). 주주 쪽에는 사업 계속이나 고용 승계 요건이 붙지 않는다는 점이 법인 쪽과 다릅니다.

적격분할 요건 네 가지와 지켜야 하는 시점

법인세법 제46조 제2항은 다음 네 가지를 모두 갖춘 분할을 적격분할로 봅니다. 주식 보유, 사업 계속, 고용 유지는 분할하는 날 한 번 확인하고 끝나는 것이 아니라 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 이어져야 합니다.

요건	내용	언제까지	근거
사업기간·사업부문	분할등기일 현재 5년 이상 사업한 법인이 독립된 사업부문을 자산·부채와 함께 포괄적으로 넘기고, 분할하는 법인만 출자	분할등기일 현재	제46조 제2항 제1호
대가·배정·보유	분할대가 전액이 주식(분할합병은 80% 이상), 지분비율대로 배정, 지배주주등이 보유	분할등기일이 속하는 사업연도 종료일	제46조 제2항 제2호
사업 계속	새 법인이 넘겨받은 사업을 계속	같은 사업연도 종료일	제46조 제2항 제3호
고용 승계	분할등기일 1개월 전 그 사업부문 근로자 중 80% 이상을 넘겨받아 유지	같은 사업연도 종료일	제46조 제2항 제4호

5년 이상 사업한 법인이 독립된 사업부문을 통째로 넘겨야 합니다

분할하는 법인은 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속해 왔어야 하고, 따로 떼어도 사업이 가능한 독립된 사업부문을 넘겨야 합니다. 그 부문의 자산과 부채는 포괄적으로 넘어가야 하는데, 두 부문이 함께 쓰는 사무실이나 창고, 물리적으로 나눌 수 없는 공동시설, 시가 기준으로 총자산과 총부채의 각 20% 이하인 자산·부채는 남겨 두어도 됩니다(법인세법 시행령 제82조의2 제4항).

분할대가는 전부 새 법인 주식이어야 하고 지분비율대로 나눕니다

새 법인을 세우는 단순분할에서는 분할대가 전액이 주식이어야 합니다. 주주에게는 원래 지분비율에 따라 새 주식을 배정해야 하므로, 분할 단계에서 대표 지분과 자녀 지분을 다르게 나눌 수 없습니다. 보유 요건이 적용되는 주주는 1% 이상을 가지면서 특수관계인과 합한 지분이 가장 많은 지배주주등이고, 그중 4촌 혈족과 지분 1% 미만이면서 시가 10억원 미만인 주주는 빠집니다(시행령 제82조의2 제8항).

근로자 80% 이상을 넘기고 사업연도 말까지 유지해야 합니다

분할등기일 1개월 전 그 사업부문에서 일하던 근로자 중 80% 이상을 새 법인이 넘겨받고, 분할등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 그 비율을 유지해야 합니다. 임원과 일용근로자 등은 근로자 수에서 빠집니다. 분할하는 사업부문의 근로자가 5명 미만이면 이 요건을 갖추지 못해도 부득이한 사유로 봅니다(시행령 제82조의2 제1항).

부동산을 따로 떼어 내는 분할은 왜 적격분할이 아닌가

법인세법 제46조 제3항이 부동산 임대업을 주업으로 하는 사업부문 등은 요건을 갖춰도 적격분할로 보지 않기 때문입니다. 승계를 앞두고 공장 부지나 임대 건물만 별도 법인으로 떼어 내려는 구상이 많은데, 아래 두 기준 중 하나에 걸리면 과세이연과 취득세 경감을 모두 받을 수 없습니다.

제외 기준	계산 방법	근거
부동산 임대업이 주업인 사업부문	넘기는 자산총액 중 부동산 임대업에 쓰는 자산가액이 50% 이상	시행령 제82조의2 제2항 제1호, 시행규칙 제41조 제1항
부동산 비중이 큰 사업부문	넘기는 자산에서 분할일 현재 3년 이상 계속 경영한 사업부문이 직접 쓰는 자산을 뺀 가액 중 토지·건물·부동산에 관한 권리가 80% 이상	시행령 제82조의2 제2항 제2호, 시행규칙 제41조 제2항
주식만으로 된 사업부문	지배 목적으로 3년 이상 보유한 주식 전부를 넘기는 경우 등 정해진 경우에만 독립된 사업부문으로 인정	시행령 제82조의2 제3항

임대 자산이 넘기는 자산의 절반 이상이면 제외됩니다

넘기는 자산총액 중 부동산 임대업에 쓰는 자산가액이 50% 이상이면 부동산 임대업을 주업으로 하는 사업부문으로 봅니다. 공장 일부를 임대하고 있다면 그 임대 부분의 자산가액이 이 비율에 들어갑니다.

3년 이상 운영한 부문이 직접 쓰는 부동산은 80% 계산에서 빠집니다

두 번째 기준은 넘기는 자산 중 부동산 비중이 80% 이상인지를 보되, 분할일 현재 3년 이상 계속 경영한 사업부문이 직접 사용한 자산은 계산에서 뺍니다(시행규칙 제41조 제2항). 그래서 제조 부문을 공장 부지와 함께 넘기는 분할은 부지가 커도 이 기준에 걸리지 않을 수 있지만, 사업에 쓰지 않는 토지와 건물을 모아 떼어 내면 이 기준에 해당하기 쉽습니다.

적격분할이면 세금은 얼마나 미뤄지나

분할한 해에 과세될 양도차익과 의제배당이 전부 미뤄집니다. 다만 사라지는 것이 아니라 새 법인이 자산을 상각하거나 처분할 때, 주주가 그 주식을 직접 팔 때 과세됩니다. 아래는 12월 결산 법인이 유통 부문을 인적분할해 새 법인을 세우는 상황을 가정한 계산입니다.

항목	적격분할이 아닐 때	적격분할일 때
분할하는 법인의 2026 사업연도 양도차익	15억원(35억원 − 20억원) 소득 산입	0원
대표의 의제배당	30억원(35억원 − 5억원) 배당소득	0원(새 주식 취득가액 5억원으로 봄)
새 법인이 관리하는 차액	없음(시가 35억원으로 취득)	자산조정계정 15억원(토지 10억원·건물 5억원)
미뤄진 과세가 생기는 때	—	건물분은 감가상각할 때마다, 토지분은 토지를 팔 때, 대표분은 대표가 새 주식을 직접 팔 때

건물 차액은 감가상각비를 줄이는 방식으로 과세됩니다

새 법인은 넘겨받은 자산을 시가로 장부에 올리되, 시가와 장부가액의 차이를 자산조정계정으로 따로 적어 둡니다. 건물 같은 감가상각자산에 설정된 금액은 매년 감가상각비와 상계되어 비용이 그만큼 줄고, 처분하면 남은 금액이 한꺼번에 소득이 됩니다. 토지처럼 상각하지 않는 자산은 처분하는 사업연도에 전액 소득이 됩니다(법인세법 시행령 제82조의4 제1항, 제80조의4 제1항).

존속분할에서는 원래 법인의 결손금이 새 법인으로 넘어가지 않습니다

분할하는 법인이 남아 있는 존속분할에서는 적격분할이어도 분할하는 법인의 이월결손금을 새 법인이 넘겨받지 못합니다(법인세법 제46조의5). 결손금이 큰 법인이라면 어느 부문을 떼어 낼지 정할 때 이 점을 함께 따져야 합니다.

분할한 뒤 몇 년 동안 무엇을 지켜야 하나

분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년, 고용은 3년입니다. 이 기간 안에 아래 사유가 생기면 새 법인은 자산조정계정 잔액을 소득에 넣고, 넘겨받아 공제받은 감면·세액공제액을 납부한 뒤 그 뒤로 적용받지 못합니다(법인세법 제46조의3 제3항, 시행령 제82조의4). 취득세 경감은 기산점과 기간이 다릅니다.

사후관리 사유	기간	위반으로 보는 경우	근거
사업 폐지	다음 사업연도 개시일부터 2년	넘겨받은 자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 쓰지 않음	제46조의3 제3항 제1호, 시행령 제82조의4 제7항
주식 처분	다음 사업연도 개시일부터 2년	지배주주등이 분할로 받은 주식을 처분(받은 주식의 2분의 1 미만 처분 등은 제외)	제46조의3 제3항 제2호, 시행령 제82조의4 제6항
고용 감소	다음 사업연도 개시일부터 3년	각 사업연도 종료일 근로자 수가 분할등기일 1개월 전의 80% 미만	제46조의3 제3항 제3호
취득세 추징	분할등기일부터 3년	위 세 가지 중 하나가 생김	지방세특례제한법 제57조의2 제3항 제2호

법인세 사후관리는 분할한 다음 사업연도부터 셉니다

분할등기일이 속하는 사업연도는 적격분할 요건을 지키는 기간이고, 사후관리는 그다음 사업연도 개시일부터 시작합니다. 그래서 12월 결산 법인이 11월에 분할하면 요건 기간 두 달에 이어 사후관리 2년이 붙어, 사업 폐지와 주식 처분은 실제로 2년 2개월가량을 보게 됩니다.

취득세 추징 기간은 분할등기일부터 3년입니다

새 법인이 넘겨받은 사업용 부동산의 취득세 50% 경감은 분할등기일부터 3년 안에 법인세 사후관리 사유가 생기면 추징됩니다. 법인세 사후관리가 끝났어도 분할등기일부터 3년이 지나지 않았다면 주식 처분이나 사업 폐지로 취득세가 추징될 수 있으므로, 두 기간 중 늦게 끝나는 날을 기준으로 일정을 잡는 편이 안전합니다.

분할 뒤 새 법인 주식을 자녀에게 넘기면 사후관리 위반인가

법인세 사후관리 기간(다음 사업연도 개시일부터 2년) 안에 지배주주등이 분할로 받은 주식의 2분의 1 이상을 넘기면 사후관리 위반이 될 수 있고, 2분의 1 미만이면 부득이한 사유로 보아 위반으로 보지 않습니다. 승계 목적의 분할에서 가장 많이 묻는 질문이 이것인데, 기간과 비율 두 가지를 함께 보아야 답이 나옵니다.

받은 주식의 절반 미만을 넘기면 부득이한 사유로 봅니다

법인세법 시행령 제80조의2 제1항 제1호 가목(분할에는 시행령 제82조의4 제6항이 준용)은 지배주주등이 받은 주식의 2분의 1 미만을 처분한 경우를 부득이한 사유로 정하고, 국세청도 같은 취지로 회신했습니다(서면-2016-법령해석법인-4830). 같은 조항은 보유 요건이 적용되는 주주끼리 서로 주식을 넘기는 것은 처분으로 보지 않는다고 정합니다. 자녀가 이미 그 주주에 해당한다면 이 부분도 함께 봅니다.

상속은 예외로 정해져 있지만 증여를 직접 다룬 해석은 확인되지 않습니다

주주가 사망해 주식이 상속되는 경우는 부득이한 사유로 열거되어 있습니다(같은 항 제1호 나목). 증여는 부득이한 사유 목록에 없고, 증여가 처분에 해당하는지를 직접 정한 국세청 해석도 이번 확인 범위에서는 찾지 못했습니다. 따라서 받은 주식의 절반 이상을 자녀에게 증여하려면 법인세 사후관리 기간과 취득세 추징 기간(분할등기일부터 3년)이 모두 끝난 뒤로 미루거나, 기간 안에는 절반 미만으로 나누는 설계가 안전합니다. 증여세 과세특례를 함께 쓰려면 가업승계 증여세 과세특례의 요건과 사후관리도 같은 일정표에 올려야 합니다.

인적분할과 물적분할은 승계 준비에서 무엇이 다른가

새 법인 주식을 누가 갖느냐가 다릅니다. 인적분할(상법 제530조의2)은 새 법인 주식을 주주가 받으므로 대표와 가족이 새 법인의 주주가 되고, 물적분할(상법 제530조의12)은 분할하는 법인이 새 법인 주식 전부를 가지므로 새 법인이 자회사가 됩니다.

비교 항목	인적분할	물적분할
새 법인 주식을 받는 쪽	분할하는 법인의 주주	분할하는 법인
과세이연 방식	양도차익을 없는 것으로 하고 새 법인이 자산조정계정으로 관리	물적분할로 생긴 자산 양도차익 상당액을 손금에 넣고, 받은 주식을 처분하거나 새 법인이 넘겨받은 자산을 처분할 때 그 비율만큼 소득 산입(제47조)
주주의 의제배당	생길 수 있음(적격이면 이연)	주주가 주식을 받지 않으므로 해당 없음
사후관리 주식 요건	지배주주등이 받은 주식을 처분하지 않을 것	분할하는 법인의 새 법인 지분이 50% 미만으로 떨어지지 않을 것
사후관리 기간	다음 사업연도 개시일부터 2년(고용 3년)	다음 사업연도 개시일부터 2년(고용 3년)

자녀가 새 법인을 직접 갖게 하려면 인적분할이 맞습니다

물적분할 뒤의 새 법인은 원래 법인의 자회사이므로, 자녀가 새 법인 주식을 갖게 하려면 원래 법인이 그 주식을 넘겨야 하고 그때 미뤄 둔 양도차익이 처분 비율만큼 과세됩니다. 인적분할은 대표가 새 법인 주식을 직접 받으므로, 법인세 사후관리와 취득세 추징 기간이 지난 뒤 대표가 자녀에게 증여하거나 양도하는 방식으로 이어 갈 수 있습니다. 개인 사업을 법인으로 바꾸는 단계라면 법인전환 세 가지 방식부터 보시는 편이 순서에 맞습니다.

분할 전 확인 사항 정리

떼어 낼 사업부문의 자산 구성, 주주와 근로자 명단, 분할 뒤 주식을 넘길 일정입니다. 첫째로 부동산 비중이 50%·80% 기준에 해당하는지, 둘째로 지분비율 배정과 고용 80% 요건을 맞출 수 있는지, 셋째로 증여 시점이 법인세 사후관리 기간이나 취득세 추징 기간과 겹치는지를 보아야 합니다. 승계 뒤 상속까지 내다본다면 가업상속공제 요건의 업력 계산도 함께 확인해야 합니다.

자주 묻는 질문

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· 상속 단계의 공제 요건은 가업상속공제 요건과 사후관리에서 이어집니다.